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Trasmissione e sincronizzazione di risorse FHIR con BigQuery

Questo tutorial illustra gli scenari in cui puoi utilizzare lo streaming di BigQuery per mantenere sincronizzato un archivio FHIR con un set di dati BigQuery quasi in tempo reale.

Obiettivi

Il tutorial illustra i seguenti passaggi:

Configura le autorizzazioni BigQuery.
Crea un archivio FHIR e aggiungi risorse Patient.
Configura lo streaming di BigQuery nel datastore FHIR.
Verifica la configurazione dello streaming in BigQuery.
Esporta le risorse FHIR esistenti in BigQuery.
Trasmetti le risorse da più archivi FHIR allo stesso set di dati BigQuery.

Prima di iniziare

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In the Google Cloud console, on the project selector page, select or create a Google Cloud project.

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Make sure that billing is enabled for your Google Cloud project.

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Enable the Cloud Healthcare API.
Enable the API

Install the Google Cloud CLI.
To initialize the gcloud CLI, run the following command:
```
gcloud init
```

Passaggio 1: configura le autorizzazioni BigQuery

Per trasmettere le modifiche delle risorse FHIR a BigQuery, devi concedere autorizzazioni aggiuntive all'account di servizio dell'agente di servizio Cloud Healthcare. Per ulteriori informazioni, consulta Autorizzazioni BigQuery per gli archivi FHIR.

Passaggio 2: configura e verifica lo streaming di BigQuery

Per attivare lo streaming in BigQuery, segui queste istruzioni:

Crea un archivio FHIR e aggiungi risorse Patient

Per creare un archivio FHIR e aggiungere due risorse Patient:

Crea l'archivio FHIR:
REST

Prima di utilizzare i dati della richiesta, apporta le seguenti sostituzioni:
- PROJECT_ID: l'ID del tuo progetto Google Cloud
- LOCATION: la posizione del set di dati
- DATASET_ID: il set di dati principale dell'archivio FHIR
- FHIR_STORE_ID: un identificatore per l'archivio FHIR. L'ID del datastore FHIR deve avere quanto segue:
  
  Un ID univoco nel set di dati
  
  Una stringa Unicode di 1-256 caratteri composta da quanto segue:
  
  Numeri
  
  Lettere
  
  Trattini bassi
  
  Trattini
  
  Punti
- FHIR_STORE_VERSION: la versione FHIR dell'archivio FHIR. Le opzioni disponibili sono DSTU2, STU3 o R4.
Corpo JSON della richiesta:
{ "version": "FHIR_STORE_VERSION" }
Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:
curl

Nota: il seguente comando presuppone che tu abbia eseguito l'accesso all'interfaccia a riga di comando gcloud con il tuo account utente eseguendo gcloud init o gcloud auth login oppure utilizzando Cloud Shell, che ti consente di accedere automaticamente all'interfaccia a riga di comando gcloud. Puoi controllare l'account attualmente attivo eseguendo gcloud auth list.

Salva il corpo della richiesta in un file denominato request.json. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:

cat > request.json << 'EOF' { "version": "FHIR_STORE_VERSION" } EOF

Quindi, esegui il seguente comando per inviare la richiesta REST:

curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores?fhirStoreId=FHIR_STORE_ID"

PowerShell

Nota: il comando seguente presuppone che tu abbia eseguito l'accesso alla CLI gcloud con il tuo account utente eseguendo gcloud init o gcloud auth login . Puoi controllare l'account attualmente attivo eseguendo gcloud auth list.

Salva il corpo della richiesta in un file denominato request.json. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:

@' { "version": "FHIR_STORE_VERSION" } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

Quindi, esegui il seguente comando per inviare la richiesta REST:

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json; charset=utf-8" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores?fhirStoreId=FHIR_STORE_ID" | Select-Object -Expand Content

Explorer API

Copia il corpo della richiesta e apri la pagina di riferimento del metodo. Il riquadro Esplora API si apre sul lato destro della pagina. Puoi interagire con questo strumento per inviare richieste. Incolla il corpo della richiesta in questo strumento, compila gli altri campi obbligatori e fai clic su Esegui.
Dovresti ricevere una risposta JSON simile alla seguente:
Risposta

{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID", "version": "FHIR_STORE_VERSION" }

Crea la prima risorsa Patient nell'archivio FHIR:

REST

Prima di utilizzare i dati della richiesta, apporta le seguenti sostituzioni:

PROJECT_ID: l'ID del tuo progetto Google Cloud
LOCATION: la posizione del set di dati
DATASET_ID: il set di dati principale dell'archivio FHIR
FHIR_STORE_ID: l'ID del datastore FHIR

Corpo JSON della richiesta:

{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Smith",
      "given": [
        "Darcy"
      ]
    }
  ],
  "gender": "female",
  "birthDate": "1970-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}

Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:

curl

Nota: il seguente comando presuppone che tu abbia eseguito l'accesso all'interfaccia a riga di comando gcloud con il tuo account utente eseguendo gcloud init o gcloud auth login oppure utilizzando Cloud Shell, che ti consente di accedere automaticamente all'interfaccia a riga di comando gcloud. Puoi controllare l'account attualmente attivo eseguendo gcloud auth list.

Salva il corpo della richiesta in un file denominato request.json. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:

cat > request.json << 'EOF'
{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Smith",
      "given": [
        "Darcy"
      ]
    }
  ],
  "gender": "female",
  "birthDate": "1970-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}
EOF

Quindi, esegui il seguente comando per inviare la richiesta REST:

curl -X POST \
     -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
     -H "Content-Type: application/fhir+json" \
     -d @request.json \
     "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient"

PowerShell

Nota: il comando seguente presuppone che tu abbia eseguito l'accesso alla CLI gcloud con il tuo account utente eseguendo gcloud init o gcloud auth login . Puoi controllare l'account attualmente attivo eseguendo gcloud auth list.

Salva il corpo della richiesta in un file denominato request.json. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:

@'
{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Smith",
      "given": [
        "Darcy"
      ]
    }
  ],
  "gender": "female",
  "birthDate": "1970-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}
'@  | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

Quindi, esegui il seguente comando per inviare la richiesta REST:

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
    -Method POST `
    -Headers $headers `
    -ContentType: "application/fhir+json" `
    -InFile request.json `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient" | Select-Object -Expand Content

Dovresti ricevere una risposta JSON simile alla seguente:

Risposta

{
  "birthDate": "1970-01-01",
  "gender": "female",
  "id": "PATIENT_ID",
  "meta": {
    "lastUpdated": "YYYY-MM-DDTHH:MM:SS+ZZ:ZZ",
    "versionId": "VERSION_ID"
  },
  "name": [
    {
      "family": "Smith",
      "given": [
        "Darcy"
      ],
      "use": "official"
    }
  ],
  "resourceType": "Patient"
}

Crea la seconda risorsa Patient nell'archivio FHIR:

REST

Prima di utilizzare i dati della richiesta, apporta le seguenti sostituzioni:

PROJECT_ID: il tuo ID progetto Google Cloud
LOCATION: la posizione del set di dati principale
DATASET_ID: il set di dati principale dell'archivio FHIR
FHIR_STORE_ID: l'ID del datastore FHIR

Corpo JSON della richiesta:

{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Zhang",
      "given": [
        "Michael"
      ]
    }
  ],
  "gender": "male",
  "birthDate": "1980-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}

Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:

curl

Salva il corpo della richiesta in un file denominato request.json. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:

cat > request.json << 'EOF'
{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Zhang",
      "given": [
        "Michael"
      ]
    }
  ],
  "gender": "male",
  "birthDate": "1980-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}
EOF

Quindi, esegui il seguente comando per inviare la richiesta REST:

curl -X POST \
     -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
     -H "Content-Type: application/fhir+json" \
     -d @request.json \
     "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient"

PowerShell

Salva il corpo della richiesta in un file denominato request.json. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:

@'
{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Zhang",
      "given": [
        "Michael"
      ]
    }
  ],
  "gender": "male",
  "birthDate": "1980-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}
'@  | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

Quindi, esegui il seguente comando per inviare la richiesta REST:

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
    -Method POST `
    -Headers $headers `
    -ContentType: "application/fhir+json" `
    -InFile request.json `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient" | Select-Object -Expand Content

Dovresti ricevere una risposta JSON simile alla seguente:

Risposta

{
  "birthDate": "1980-01-01",
  "gender": "male",
  "id": "PATIENT_ID",
  "meta": {
    "lastUpdated": "YYYY-MM-DDTHH:MM:SS+ZZ:ZZ",
    "versionId": "VERSION_ID"
  },
  "name": [
    {
      "family": "Zhang",
      "given": [
        "Michael"
      ],
      "use": "official"
    }
  ],
  "resourceType": "Patient"
}

Cerca le risorse Patient nell'archivio FHIR e verifica che l'archivio contenga le due risorse Patient:

REST

Prima di utilizzare i dati della richiesta, apporta le seguenti sostituzioni:

PROJECT_ID: il tuo ID progetto Google Cloud
LOCATION: la posizione del set di dati principale
DATASET_ID: il set di dati principale dell'archivio FHIR
FHIR_STORE_ID: l'ID del datastore FHIR

Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:

curl

Esegui questo comando:

curl -X GET \
     -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
     "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient"

PowerShell

Esegui questo comando:

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
    -Method GET `
    -Headers $headers `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient" | Select-Object -Expand Content

Dovresti ricevere una risposta JSON simile alla seguente:

Risposta

{
  "entry": [
    {
      "fullUrl": "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient/d5d0d3a7-29a1-4bb6-b388-35e8ce218fc5",
      "resource": {
        "birthDate": "1980-01-01",
        "gender": "male",
        "id": "PATIENT_ID",
        "meta": {
          "lastUpdated": "YYYY-MM-DDTHH:MM:SS+ZZ:ZZ",
          "versionId": "VERSION_ID"
        },
        "name": [
          {
            "family": "Zhang",
            "given": [
              "Michael"
            ],
            "use": "official"
          }
        ],
        "resourceType": "Patient"
      },
      "search": {
        "mode": "match"
      }
    },
    {
      "fullUrl": "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient/f2aa0885-390d-437d-ac73-8d41516a2c05",
      "resource": {
        "birthDate": "1970-01-01",
        "gender": "female",
        "id": "PATIENT_ID",
        "meta": {
          "lastUpdated": "YYYY-MM-DDTHH:MM:SS+ZZ:ZZ",
          "versionId": "VERSION_ID"
        },
        "name": [
          {
            "family": "Smith",
            "given": [
              "Darcy"
            ],
            "use": "official"
          }
        ],
        "resourceType": "Patient"
      },
      "search": {
        "mode": "match"
      }
    }
  ],
  "link": [
    {
      "relation": "search",
      "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient/?"
    },
    {
      "relation": "first",
      "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient/?"
    },
    {
      "relation": "self",
      "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient/?"
    }
  ],
  "resourceType": "Bundle",
  "total": 2,
  "type": "searchset"
}

Configurare lo streaming di BigQuery nel datastore FHIR

Aggiorna il datastore FHIR per configurare lo streaming di BigQuery. Dopo aver configurato lo streaming, l'API Cloud Healthcare trasmette eventuali modifiche delle risorse al set di dati BigQuery.

Aggiorna l'archivio FHIR esistente per aggiungere la posizione del set di dati BigQuery:
REST

Prima di utilizzare i dati della richiesta, apporta le seguenti sostituzioni:
- PROJECT_ID: il tuo ID progetto Google Cloud
- LOCATION: la posizione del set di dati principale
- DATASET_ID: il set di dati principale dell'archivio FHIR
- FHIR_STORE_ID: il tuo ID datastore FHIR
- BIGQUERY_PROJECT_ID: il progetto Google Cloud contenente il set di dati BigQuery per le modifiche delle risorse FHIR in streaming
- BIGQUERY_DATASET_ID: il set di dati BigQuery in cui stai eseguendo lo streaming delle modifiche delle risorse FHIR
Corpo JSON della richiesta:
{ "streamConfigs": [ { "bigqueryDestination": { "datasetUri": "bq://BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID", "schemaConfig": { "schemaType": "ANALYTICS_V2" } } } ] }
Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:
curl

Nota: il seguente comando presuppone che tu abbia eseguito l'accesso all'interfaccia a riga di comando gcloud con il tuo account utente eseguendo gcloud init o gcloud auth login oppure utilizzando Cloud Shell, che ti consente di accedere automaticamente all'interfaccia a riga di comando gcloud. Puoi controllare l'account attualmente attivo eseguendo gcloud auth list.

Salva il corpo della richiesta in un file denominato request.json. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:

cat > request.json << 'EOF' { "streamConfigs": [ { "bigqueryDestination": { "datasetUri": "bq://BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID", "schemaConfig": { "schemaType": "ANALYTICS_V2" } } } ] } EOF

Quindi, esegui il seguente comando per inviare la richiesta REST:

curl -X PATCH \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID?updateMask=streamConfigs"

PowerShell

Nota: il comando seguente presuppone che tu abbia eseguito l'accesso alla CLI gcloud con il tuo account utente eseguendo gcloud init o gcloud auth login . Puoi controllare l'account attualmente attivo eseguendo gcloud auth list.

Salva il corpo della richiesta in un file denominato request.json. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:

@' { "streamConfigs": [ { "bigqueryDestination": { "datasetUri": "bq://BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID", "schemaConfig": { "schemaType": "ANALYTICS_V2" } } } ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

Quindi, esegui il seguente comando per inviare la richiesta REST:

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
-Method PATCH `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json; charset=utf-8" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID?updateMask=streamConfigs" | Select-Object -Expand Content

Explorer API

Copia il corpo della richiesta e apri la pagina di riferimento del metodo. Il riquadro Esplora API si apre sul lato destro della pagina. Puoi interagire con questo strumento per inviare richieste. Incolla il corpo della richiesta in questo strumento, compila gli altri campi obbligatori e fai clic su Esegui.
Dovresti ricevere una risposta JSON simile alla seguente:
Risposta

{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID", "version": "FHIR_STORE_VERSION", "streamConfigs": [ { "bigqueryDestination": { "datasetUri": "bq://BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID", "schemaConfig": { "schemaType": "ANALYTICS_V2" } } } ] }

Verifica la configurazione dello streaming in BigQuery

Verifica che lo streaming sia configurato correttamente completando i seguenti passaggi:

Crea una terza risorsa Patient nell'archivio FHIR:

REST

Prima di utilizzare i dati della richiesta, apporta le seguenti sostituzioni:

PROJECT_ID: il tuo ID progetto Google Cloud
LOCATION: la posizione del set di dati principale
DATASET_ID: il set di dati principale dell'archivio FHIR
FHIR_STORE_ID: l'ID del datastore FHIR

Corpo JSON della richiesta:

{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Lee",
      "given": [
        "Alex"
      ]
    }
  ],
  "gender": "male",
  "birthDate": "1990-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}

Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:

curl

Salva il corpo della richiesta in un file denominato request.json. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:

cat > request.json << 'EOF'
{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Lee",
      "given": [
        "Alex"
      ]
    }
  ],
  "gender": "male",
  "birthDate": "1990-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}
EOF

Quindi, esegui il seguente comando per inviare la richiesta REST:

curl -X POST \
     -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
     -H "Content-Type: application/fhir+json" \
     -d @request.json \
     "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient"

PowerShell

Salva il corpo della richiesta in un file denominato request.json. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:

@'
{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Lee",
      "given": [
        "Alex"
      ]
    }
  ],
  "gender": "male",
  "birthDate": "1990-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}
'@  | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

Quindi, esegui il seguente comando per inviare la richiesta REST:

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
    -Method POST `
    -Headers $headers `
    -ContentType: "application/fhir+json" `
    -InFile request.json `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient" | Select-Object -Expand Content

Dovresti ricevere una risposta JSON simile alla seguente:

Risposta

{
  "birthDate": "1990-01-01",
  "gender": "male",
  "id": "PATIENT_ID",
  "meta": {
    "lastUpdated": "YYYY-MM-DDTHH:MM:SS+ZZ:ZZ",
    "versionId": "VERSION_ID"
  },
  "name": [
    {
      "family": "Lee",
      "given": [
        "Alex"
      ],
      "use": "official"
    }
  ],
  "resourceType": "Patient"
}

Esegui una query sulla tabella BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.Patient eseguendo bq query. BigQuery organizza le tabelle in base al tipo di risorsa FHIR. La terza risorsa Patient che hai creato si trova nella tabella Patient.
```
bq query \
   --project_id=BIGQUERY_PROJECT_ID \
   --use_legacy_sql=false \
   'SELECT COUNT(*) FROM `BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.Patient`'
```
La query restituisce il seguente risultato. Il risultato mostra che nella tabella BigQuery è presente un record della risorsa Patient, perché hai aggiunto la risorsa Patient dopo aver configurato lo streaming nell'archivio FHIR.
```
+-----+
| f0_ |
+-----+
|   1 |
+-----+
```

Passaggio 3: esporta le risorse FHIR esistenti in BigQuery

Se hai già un archivio FHIR contenente dati che vuoi sincronizzare con un set di dati BigQuery, devi completare i seguenti passaggi per assicurarti che i dati esistenti siano in BigQuery:

Configura lo streaming in BigQuery.
Esporta i dati esistenti nel set di dati BigQuery.

Per esportare le due risorse Patient esistenti nell'archivio FHIR prima di aver configurato lo streaming nel set di dati BigQuery, completa i seguenti passaggi:

Per esportare le risorse nell'archivio FHIR in BigQuery, esegui il comando gcloud healthcare fhir-stores export bq. Il comando utilizza il flag --write-disposition=write-append, che aggiunge i dati alla tabella BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.Patient esistente.
```
gcloud healthcare fhir-stores export bq FHIR_STORE_ID \
   --dataset=DATASET_ID \
   --location=LOCATION \
   --bq-dataset=bq://BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET \
   --schema-type=analytics_v2 \
   --write-disposition=write-append
```
Esegui una query sulla tabella BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.Patient per verificare il numero di risorse Patient nel set di dati BigQuery:
```
bq query \
   --project_id=BIGQUERY_PROJECT_ID \
   --use_legacy_sql=false \
   'SELECT COUNT(*) FROM `BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.Patient`'
```
La query restituisce il seguente risultato, che mostra che nella tabella BigQuery sono presenti 4 record di risorse per i pazienti:
```
+-----+
| f0_ |
+-----+
|   4 |
+-----+
```
Il numero effettivo di risorse Patient nella tabella BigQuery è 3, ma la query restituisce 4. Potrebbero verificarsi incoerenze quando una risorsa contiene duplicati di operazioni diverse. In questo caso, la prima risorsa Patient è stata aggiunta alla tabella BigQuery in queste due occasioni:
- Quando è stata eseguita la creazione delle risorse paziente in streaming
- Quando le risorse nell'archivio FHIR sono state esportate in BigQuery
La tabella BigQuery contiene anche una cronologia delle mutazioni della prima risorsa Patient. Ad esempio, se elimini la risorsa Patient utilizzando fhir.delete, la tabella BigQuery ha una colonna meta.tag.code con il valore DELETE.
Per ottenere l'ultimo snapshot dei dati nell'archivio FHIR, esegui una query sulla visualizzazione. L'API Cloud Healthcare genera la visualizzazione prendendo in considerazione solo la versione più recente di ogni risorsa. Eseguire query sulle visualizzazioni è il modo più preciso per mantenere sincronizzati un archivi FHIR e la relativa tabella BigQuery.

Per eseguire una query sulla visualizzazione, esegui il seguente comando:
```
bq query \
   --project_id=BIGQUERY_PROJECT_ID \
   --use_legacy_sql=false \
   'SELECT COUNT(*) FROM `BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.PatientView`'
```
La query restituisce il seguente risultato, che mostra correttamente che nella tabella BigQuery sono presenti tre risorse paziente:
```
+-----+
| f0_ |
+-----+
|   3 |
+-----+
```

Passaggio 4: riproduci in streaming le risorse da più archivi FHIR nello stesso set di dati BigQuery

In alcuni casi, potresti voler eseguire lo streaming delle risorse FHIR da più archivi FHIR allo stesso set di dati BigQuery per eseguire analisi sulle risorse FHIR aggregate dagli archivi FHIR.

Nei passaggi seguenti, crei un secondo archivio FHIR nello stesso set di dati dell'API Cloud Healthcare del primo, ma puoi utilizzare archivi FHIR di set di dati diversi quando aggreghi le risorse FHIR.

Crea un secondo magazzino FHIR con lo streaming di BigQuery abilitato e utilizza lo stesso set di dati BigQuery utilizzato in Configurare lo streaming di BigQuery nel magazzino FHIR.
REST

Prima di utilizzare i dati della richiesta, apporta le seguenti sostituzioni:
- PROJECT_ID: il tuo ID progetto Google Cloud
- LOCATION: la posizione del set di dati principale
- DATASET_ID: il set di dati principale dell'archivio FHIR
- SECOND_FHIR_STORE_ID: un identificatore per il secondo datastore FHIR. L'ID datastore FHIR deve essere univoco nel set di dati. L'ID del datastore FHIR può essere qualsiasi stringa Unicode da 1 a 256 caratteri composta da numeri, lettere, trattini bassi, trattini e punti.
- FHIR_STORE_VERSION: la versione dell'archivio FHIR: DSTU2, STU3 o R4
- BIGQUERY_PROJECT_ID: il progetto Google Cloud contenente il set di dati BigQuery per le modifiche delle risorse FHIR in streaming
- BIGQUERY_DATASET_ID: il set di dati BigQuery in cui stai eseguendo lo streaming delle modifiche delle risorse FHIR
Corpo JSON della richiesta:
{ "version": "FHIR_STORE_VERSION" "streamConfigs": [ { "bigqueryDestination": { "datasetUri": "bq://BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID", "schemaConfig": { "schemaType": "ANALYTICS" } } } ] }
Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:
curl

Nota: il seguente comando presuppone che tu abbia eseguito l'accesso all'interfaccia a riga di comando gcloud con il tuo account utente eseguendo gcloud init o gcloud auth login oppure utilizzando Cloud Shell, che ti consente di accedere automaticamente all'interfaccia a riga di comando gcloud. Puoi controllare l'account attualmente attivo eseguendo gcloud auth list.

Salva il corpo della richiesta in un file denominato request.json. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:

cat > request.json << 'EOF' { "version": "FHIR_STORE_VERSION" "streamConfigs": [ { "bigqueryDestination": { "datasetUri": "bq://BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID", "schemaConfig": { "schemaType": "ANALYTICS" } } } ] } EOF

Quindi, esegui il seguente comando per inviare la richiesta REST:

curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores?fhirStoreId=SECOND_FHIR_STORE_ID"

PowerShell

Nota: il comando seguente presuppone che tu abbia eseguito l'accesso alla CLI gcloud con il tuo account utente eseguendo gcloud init o gcloud auth login . Puoi controllare l'account attualmente attivo eseguendo gcloud auth list.

Salva il corpo della richiesta in un file denominato request.json. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:

@' { "version": "FHIR_STORE_VERSION" "streamConfigs": [ { "bigqueryDestination": { "datasetUri": "bq://BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID", "schemaConfig": { "schemaType": "ANALYTICS" } } } ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

Quindi, esegui il seguente comando per inviare la richiesta REST:

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json; charset=utf-8" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores?fhirStoreId=SECOND_FHIR_STORE_ID" | Select-Object -Expand Content

Explorer API

Copia il corpo della richiesta e apri la pagina di riferimento del metodo. Il riquadro Esplora API si apre sul lato destro della pagina. Puoi interagire con questo strumento per inviare richieste. Incolla il corpo della richiesta in questo strumento, compila gli altri campi obbligatori e fai clic su Esegui.
Dovresti ricevere una risposta JSON simile alla seguente:
Risposta

{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/SECOND_FHIR_STORE_ID", "version": "VERSION", "streamConfigs": [ { "bigqueryDestination": { "datasetUri": "bq://BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID", "schemaConfig": { "schemaType": "ANALYTICS" } } } ] }

Crea una risorsa Patient nel secondo archivio FHIR:

REST

Prima di utilizzare i dati della richiesta, apporta le seguenti sostituzioni:

PROJECT_ID: il tuo ID progetto Google Cloud
LOCATION: la posizione del set di dati principale
DATASET_ID: il set di dati principale dell'archivio FHIR
SECOND_FHIR_STORE_ID: il secondo ID datastore FHIR

Corpo JSON della richiesta:

{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Lee",
      "given": [
        "Alex"
      ]
    }
  ],
  "gender": "male",
  "birthDate": "1990-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}

Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:

curl

Salva il corpo della richiesta in un file denominato request.json. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:

cat > request.json << 'EOF'
{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Lee",
      "given": [
        "Alex"
      ]
    }
  ],
  "gender": "male",
  "birthDate": "1990-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}
EOF

Quindi, esegui il seguente comando per inviare la richiesta REST:

curl -X POST \
     -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
     -H "Content-Type: application/fhir+json" \
     -d @request.json \
     "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/SECOND_FHIR_STORE_ID/fhir/Patient"

PowerShell

Salva il corpo della richiesta in un file denominato request.json. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:

@'
{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Lee",
      "given": [
        "Alex"
      ]
    }
  ],
  "gender": "male",
  "birthDate": "1990-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}
'@  | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

Quindi, esegui il seguente comando per inviare la richiesta REST:

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
    -Method POST `
    -Headers $headers `
    -ContentType: "application/fhir+json" `
    -InFile request.json `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/SECOND_FHIR_STORE_ID/fhir/Patient" | Select-Object -Expand Content

Dovresti ricevere una risposta JSON simile alla seguente:

Risposta

{
  "birthDate": "1990-01-01",
  "gender": "male",
  "id": "PATIENT_ID",
  "meta": {
    "lastUpdated": "YYYY-MM-DDTHH:MM:SS+ZZ:ZZ",
    "versionId": "VERSION_ID"
  },
  "name": [
    {
      "family": "Cruz",
      "given": [
        "Taylor"
      ],
      "use": "official"
    }
  ],
  "resourceType": "Patient"
}

Esegui una query sulla tabella BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.Patient per verificare il numero di risorse Patient nella tabella BigQuery:
```
bq query \
   --project_id=BIGQUERY_PROJECT_ID \
   --use_legacy_sql=false \
   'SELECT COUNT(*) FROM `BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.Patient`'
```
Durante lo streaming dei dati sulla nuova risorsa Patient, BigQuery ha utilizzato la tabella Patient esistente nel set di dati BigQuery. La query restituisce il seguente risultato, che mostra che nella tabella BigQuery sono presenti 5 record di risorse per i pazienti. Consulta Esportare le risorse FHIR esistenti in BigQuery per una spiegazione del motivo per cui la tabella contiene 5 risorse anziché 4.
```
+-----+
| f0_ |
+-----+
|   5 |
+-----+
```
Esegui il seguente comando per eseguire una query sulla visualizzazione:
```
bq query \
   --project_id=BIGQUERY_PROJECT_ID \
   --use_legacy_sql=false \
   'SELECT COUNT(*) FROM `BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.PatientView`'
```
La query restituisce il seguente risultato, che mostra che esistono quattro risorse Patient nel primo e nel secondo store FHIR combinati e nella tabella BigQuery:
```
+-----+
| f0_ |
+-----+
|   4 |
+-----+
```

Esegui la pulizia

Se hai creato un nuovo progetto per questo tutorial, segui i passaggi descritti in Eliminare il progetto. Per eliminare solo le risorse dell'API Cloud Healthcare e di BigQuery, completa i passaggi descritti in Eliminare il set di dati dell'API Cloud Healthcare e Eliminare il set di dati BigQuery.

Elimina il progetto

Attenzione: l'eliminazione di un progetto ha i seguenti effetti:

L'intero contenuto del progetto viene eliminato. Se hai utilizzato un progetto esistente per le attività descritte in questo documento, quando lo elimini elimini anche tutto il lavoro svolto nel progetto.
Gli ID progetto personalizzati non sono più disponibili. Quando hai creato questo progetto, potresti aver creato un ID progetto personalizzato che vuoi utilizzare in futuro. Per conservare gli URL che utilizzano l'ID progetto, ad esempio un URL appspot.com, elimina le risorse selezionate all'interno del progetto anziché eliminare l'intero progetto.

Se intendi esplorare più architetture, tutorial o guide rapide, il riuso dei progetti può aiutarti a non superare i limiti di quota.

In the Google Cloud console, go to the Manage resources page.
Go to Manage resources
In the project list, select the project that you want to delete, and then click Delete.
In the dialog, type the project ID, and then click Shut down to delete the project.

Elimina il set di dati dell'API Cloud Healthcare

Se non hai più bisogno del set di dati dell'API Cloud Healthcare creato in questo tutorial, puoi eliminarlo. L'eliminazione di un set di dati è definitiva ed elimina permanentemente tutti gli archivi FHIR al suo interno.

Per eliminare un set di dati, utilizza il comando gcloud healthcare datasets delete:
```
gcloud healthcare datasets delete DATASET_ID \
--location=LOCATION \
--project=PROJECT_ID
```
Sostituisci quanto segue:
- DATASET_ID: il set di dati dell'API Cloud Healthcare
- LOCATION: la posizione del set di dati
- PROJECT_ID: il tuo ID progetto Google Cloud
Per confermare, digita Y.

L'output è il seguente:

Deleted dataset [DATASET_ID].

Elimina il set di dati BigQuery

Se non hai più bisogno del set di dati BigQuery creato in questo tutorial, puoi eliminarlo. L'eliminazione di un set di dati è definitiva ed elimina permanentemente il set di dati e tutte le tabelle al suo interno.

Rimuovi BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID eseguendo il comando bq rm:
```
bq rm --recursive=true BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID
```
Il flag --recursive elimina tutte le tabelle nel set di dati, inclusa la tabella Patient.
Per confermare, digita Y.

Passaggi successivi

Se si verificano errori durante lo streaming in BigQuery, vengono registrati in Cloud Logging. Per ulteriori informazioni, consulta Visualizzazione dei log degli errori in Cloud Logging.
Consulta una panoramica dell'esportazione delle risorse FHIR in BigQuery.
Per creare, visualizzare, elencare o eliminare gli archivi FHIR, consulta Creazione e gestione degli archivi FHIR.

Trasmissione e sincronizzazione di risorse FHIR con BigQuery

Obiettivi

Prima di iniziare

Passaggio 1: configura le autorizzazioni BigQuery

Passaggio 2: configura e verifica lo streaming di BigQuery

Crea un archivio FHIR e aggiungi risorse Patient

REST

curl

PowerShell

Explorer API

Risposta

REST

curl

PowerShell

Risposta

REST

curl

PowerShell

Risposta

REST

curl

PowerShell

Risposta

Configurare lo streaming di BigQuery nel datastore FHIR

REST

curl

PowerShell

Explorer API

Risposta

Verifica la configurazione dello streaming in BigQuery

REST

curl

PowerShell

Risposta

Passaggio 3: esporta le risorse FHIR esistenti in BigQuery

Passaggio 4: riproduci in streaming le risorse da più archivi FHIR nello stesso set di dati BigQuery

REST

curl

PowerShell

Explorer API

Risposta

REST

curl

PowerShell

Risposta

Esegui la pulizia

Elimina il progetto

Elimina il set di dati dell'API Cloud Healthcare

Elimina il set di dati BigQuery

Passaggi successivi