Halaman ini diterjemahkan oleh Cloud Translation API.

Melakukan streaming dan menyinkronkan resource FHIR dengan BigQuery

Tutorial ini menjelaskan skenario saat Anda dapat menggunakan streaming BigQuery untuk menyinkronkan penyimpanan FHIR dengan set data BigQuery secara hampir real-time.

Tujuan

Tutorial ini menunjukkan langkah-langkah berikut:

Konfigurasi izin BigQuery.
Buat penyimpanan FHIR dan tambahkan resource Pasien.
Konfigurasi streaming BigQuery di penyimpanan FHIR.
Verifikasi konfigurasi streaming ke BigQuery.
Mengekspor resource FHIR yang ada ke BigQuery.
Melakukan streaming resource dari beberapa penyimpanan FHIR ke set data BigQuery yang sama.

Sebelum memulai

Sign in to your Google Cloud account. If you're new to Google Cloud, create an account to evaluate how our products perform in real-world scenarios. New customers also get $300 in free credits to run, test, and deploy workloads.

In the Google Cloud console, on the project selector page, select or create a Google Cloud project.

Go to project selector

Make sure that billing is enabled for your Google Cloud project.

In the Google Cloud console, on the project selector page, select or create a Google Cloud project.

Go to project selector

Make sure that billing is enabled for your Google Cloud project.

Enable the Cloud Healthcare API.
Enable the API

Install the Google Cloud CLI.
If you're using an external identity provider (IdP), you must first sign in to the gcloud CLI with your federated identity.
To initialize the gcloud CLI, run the following command:
```
gcloud init
```

Langkah 1: Mengonfigurasi izin BigQuery

Untuk melakukan streaming perubahan resource FHIR ke BigQuery, Anda harus memberikan izin tambahan ke akun layanan Agen Layanan Cloud Healthcare. Untuk mengetahui informasi selengkapnya, lihat Izin BigQuery FHIR store.

Langkah 2: Konfigurasi dan verifikasi streaming BigQuery

Untuk mengaktifkan streaming ke BigQuery, ikuti petunjuk berikut:

Buat penyimpanan FHIR dan tambahkan resource Pasien

Untuk membuat FHIR store dan menambahkan dua resource Pasien, ikuti langkah-langkah berikut:

Buat penyimpanan FHIR:
REST

Sebelum menggunakan salah satu data permintaan, lakukan penggantian berikut:
- PROJECT_ID: ID Google Cloud project Anda
- LOCATION: lokasi set data
- DATASET_ID: set data induk FHIR store
- FHIR_STORE_ID: ID untuk penyimpanan FHIR. ID FHIR store harus memiliki:
  
  ID unik dalam set datanya
  
  String Unicode 1-256 karakter yang terdiri dari berikut ini:
  
  Numbers
  
  Surat
  
  Garis bawah
  
  Tanda Hubung
  
  Menstruasi
- FHIR_STORE_VERSION: versi FHIR dari FHIR store. Opsi yang tersedia adalah DSTU2, STU3, atau R4.
Meminta isi JSON:
{ "version": "FHIR_STORE_VERSION" }
Untuk mengirim permintaan Anda, pilih salah satu opsi berikut:
curl

Catatan: Perintah berikut mengasumsikan bahwa Anda telah login ke gcloud CLI menggunakan akun pengguna Anda dengan menjalankan gcloud init atau gcloud auth login , atau dengan menggunakan Cloud Shell, yang secara otomatis membuat Anda login ke gcloud CLI . Anda dapat memeriksa akun yang saat ini aktif dengan menjalankan gcloud auth list.

Simpan isi permintaan dalam file bernama request.json. Jalankan perintah berikut di terminal untuk membuat atau menimpa file ini di direktori saat ini:

cat > request.json << 'EOF' { "version": "FHIR_STORE_VERSION" } EOF

Kemudian, jalankan perintah berikut untuk mengirim permintaan REST Anda:

curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores?fhirStoreId=FHIR_STORE_ID"

PowerShell

Catatan: Perintah berikut mengasumsikan bahwa Anda telah login ke gcloud CLI menggunakan akun pengguna Anda dengan menjalankan gcloud init atau gcloud auth login . Anda dapat memeriksa akun yang saat ini aktif dengan menjalankan gcloud auth list.

Simpan isi permintaan dalam file bernama request.json. Jalankan perintah berikut di terminal untuk membuat atau menimpa file ini di direktori saat ini:

@' { "version": "FHIR_STORE_VERSION" } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

Kemudian jalankan perintah berikut untuk mengirim permintaan REST Anda:

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json; charset=utf-8" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores?fhirStoreId=FHIR_STORE_ID" | Select-Object -Expand Content

APIs Explorer

Salin isi permintaan dan buka halaman referensi metode. Panel APIs Explorer terbuka di sisi kanan halaman. Anda bisa berinteraksi dengan alat ini untuk mengirim permintaan. Tempelkan isi permintaan di alat ini, lengkapi kolom lainnya yang wajib diisi, lalu klik Jalankan.
Anda akan melihat respons JSON seperti berikut:
Respons

{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID", "version": "FHIR_STORE_VERSION" }

Buat resource Patient pertama di penyimpanan FHIR:

REST

Sebelum menggunakan salah satu data permintaan, lakukan penggantian berikut:

PROJECT_ID: ID Google Cloud project Anda
LOCATION: lokasi set data
DATASET_ID: set data induk FHIR store
FHIR_STORE_ID: ID FHIR store

Meminta isi JSON:

{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Smith",
      "given": [
        "Darcy"
      ]
    }
  ],
  "gender": "female",
  "birthDate": "1970-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}

Untuk mengirim permintaan Anda, pilih salah satu opsi berikut:

curl

Catatan: Perintah berikut mengasumsikan bahwa Anda telah login ke gcloud CLI menggunakan akun pengguna Anda dengan menjalankan gcloud init atau gcloud auth login , atau dengan menggunakan Cloud Shell, yang secara otomatis membuat Anda login ke gcloud CLI . Anda dapat memeriksa akun yang saat ini aktif dengan menjalankan gcloud auth list.

Simpan isi permintaan dalam file bernama request.json. Jalankan perintah berikut di terminal untuk membuat atau menimpa file ini di direktori saat ini:

cat > request.json << 'EOF'
{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Smith",
      "given": [
        "Darcy"
      ]
    }
  ],
  "gender": "female",
  "birthDate": "1970-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}
EOF

Kemudian, jalankan perintah berikut untuk mengirim permintaan REST Anda:

curl -X POST \
     -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
     -H "Content-Type: application/fhir+json" \
     -d @request.json \
     "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient"

PowerShell

Catatan: Perintah berikut mengasumsikan bahwa Anda telah login ke gcloud CLI menggunakan akun pengguna Anda dengan menjalankan gcloud init atau gcloud auth login . Anda dapat memeriksa akun yang saat ini aktif dengan menjalankan gcloud auth list.

Simpan isi permintaan dalam file bernama request.json. Jalankan perintah berikut di terminal untuk membuat atau menimpa file ini di direktori saat ini:

@'
{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Smith",
      "given": [
        "Darcy"
      ]
    }
  ],
  "gender": "female",
  "birthDate": "1970-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}
'@  | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

Kemudian jalankan perintah berikut untuk mengirim permintaan REST Anda:

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
    -Method POST `
    -Headers $headers `
    -ContentType: "application/fhir+json" `
    -InFile request.json `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient" | Select-Object -Expand Content

Anda akan melihat respons JSON seperti berikut:

Respons

{
  "birthDate": "1970-01-01",
  "gender": "female",
  "id": "PATIENT_ID",
  "meta": {
    "lastUpdated": "YYYY-MM-DDTHH:MM:SS+ZZ:ZZ",
    "versionId": "VERSION_ID"
  },
  "name": [
    {
      "family": "Smith",
      "given": [
        "Darcy"
      ],
      "use": "official"
    }
  ],
  "resourceType": "Patient"
}

Buat resource Pasien kedua di penyimpanan FHIR:

REST

Sebelum menggunakan salah satu data permintaan, lakukan penggantian berikut:

PROJECT_ID: Google Cloud project ID Anda
LOCATION: lokasi set data induk
DATASET_ID: set data induk FHIR store
FHIR_STORE_ID: ID FHIR store

Meminta isi JSON:

{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Zhang",
      "given": [
        "Michael"
      ]
    }
  ],
  "gender": "male",
  "birthDate": "1980-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}

Untuk mengirim permintaan Anda, pilih salah satu opsi berikut:

curl

Simpan isi permintaan dalam file bernama request.json. Jalankan perintah berikut di terminal untuk membuat atau menimpa file ini di direktori saat ini:

cat > request.json << 'EOF'
{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Zhang",
      "given": [
        "Michael"
      ]
    }
  ],
  "gender": "male",
  "birthDate": "1980-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}
EOF

Kemudian, jalankan perintah berikut untuk mengirim permintaan REST Anda:

curl -X POST \
     -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
     -H "Content-Type: application/fhir+json" \
     -d @request.json \
     "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient"

PowerShell

Simpan isi permintaan dalam file bernama request.json. Jalankan perintah berikut di terminal untuk membuat atau menimpa file ini di direktori saat ini:

@'
{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Zhang",
      "given": [
        "Michael"
      ]
    }
  ],
  "gender": "male",
  "birthDate": "1980-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}
'@  | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

Kemudian jalankan perintah berikut untuk mengirim permintaan REST Anda:

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
    -Method POST `
    -Headers $headers `
    -ContentType: "application/fhir+json" `
    -InFile request.json `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient" | Select-Object -Expand Content

Anda akan melihat respons JSON seperti berikut:

Respons

{
  "birthDate": "1980-01-01",
  "gender": "male",
  "id": "PATIENT_ID",
  "meta": {
    "lastUpdated": "YYYY-MM-DDTHH:MM:SS+ZZ:ZZ",
    "versionId": "VERSION_ID"
  },
  "name": [
    {
      "family": "Zhang",
      "given": [
        "Michael"
      ],
      "use": "official"
    }
  ],
  "resourceType": "Patient"
}

Cari resource Pasien di penyimpanan FHIR dan verifikasi bahwa penyimpanan berisi dua resource Pasien:

REST

Sebelum menggunakan salah satu data permintaan, lakukan penggantian berikut:

PROJECT_ID: Google Cloud project ID Anda
LOCATION: lokasi set data induk
DATASET_ID: set data induk FHIR store
FHIR_STORE_ID: ID FHIR store

Untuk mengirim permintaan Anda, pilih salah satu opsi berikut:

curl

Jalankan perintah berikut:

curl -X GET \
     -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
     "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient"

PowerShell

Jalankan perintah berikut:

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
    -Method GET `
    -Headers $headers `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient" | Select-Object -Expand Content

Anda akan menerima respons JSON yang mirip dengan yang berikut ini:

Respons

{
  "entry": [
    {
      "fullUrl": "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient/d5d0d3a7-29a1-4bb6-b388-35e8ce218fc5",
      "resource": {
        "birthDate": "1980-01-01",
        "gender": "male",
        "id": "PATIENT_ID",
        "meta": {
          "lastUpdated": "YYYY-MM-DDTHH:MM:SS+ZZ:ZZ",
          "versionId": "VERSION_ID"
        },
        "name": [
          {
            "family": "Zhang",
            "given": [
              "Michael"
            ],
            "use": "official"
          }
        ],
        "resourceType": "Patient"
      },
      "search": {
        "mode": "match"
      }
    },
    {
      "fullUrl": "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient/f2aa0885-390d-437d-ac73-8d41516a2c05",
      "resource": {
        "birthDate": "1970-01-01",
        "gender": "female",
        "id": "PATIENT_ID",
        "meta": {
          "lastUpdated": "YYYY-MM-DDTHH:MM:SS+ZZ:ZZ",
          "versionId": "VERSION_ID"
        },
        "name": [
          {
            "family": "Smith",
            "given": [
              "Darcy"
            ],
            "use": "official"
          }
        ],
        "resourceType": "Patient"
      },
      "search": {
        "mode": "match"
      }
    }
  ],
  "link": [
    {
      "relation": "search",
      "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient/?"
    },
    {
      "relation": "first",
      "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient/?"
    },
    {
      "relation": "self",
      "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient/?"
    }
  ],
  "resourceType": "Bundle",
  "total": 2,
  "type": "searchset"
}

Mengonfigurasi streaming BigQuery di penyimpanan FHIR

Perbarui penyimpanan FHIR untuk mengonfigurasi streaming BigQuery. Setelah mengonfigurasi streaming, Cloud Healthcare API akan melakukan streaming perubahan resource apa pun ke set data BigQuery.

Perbarui penyimpanan FHIR yang ada untuk menambahkan lokasi set data BigQuery:
REST

Sebelum menggunakan salah satu data permintaan, lakukan penggantian berikut:
- PROJECT_ID: Google Cloud project ID Anda
- LOCATION: lokasi set data induk
- DATASET_ID: set data induk FHIR store
- FHIR_STORE_ID: ID FHIR store Anda
- BIGQUERY_PROJECT_ID: project Google Cloud yang berisi set data BigQuery untuk streaming perubahan resource FHIR
- BIGQUERY_DATASET_ID: set data BigQuery tempat Anda melakukan streaming perubahan resource FHIR
Meminta isi JSON:
{ "streamConfigs": [ { "bigqueryDestination": { "datasetUri": "bq://BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID", "schemaConfig": { "schemaType": "ANALYTICS_V2" } } } ] }
Untuk mengirim permintaan Anda, pilih salah satu opsi berikut:
curl

Catatan: Perintah berikut mengasumsikan bahwa Anda telah login ke gcloud CLI menggunakan akun pengguna Anda dengan menjalankan gcloud init atau gcloud auth login , atau dengan menggunakan Cloud Shell, yang secara otomatis membuat Anda login ke gcloud CLI . Anda dapat memeriksa akun yang saat ini aktif dengan menjalankan gcloud auth list.

Simpan isi permintaan dalam file bernama request.json. Jalankan perintah berikut di terminal untuk membuat atau menimpa file ini di direktori saat ini:

cat > request.json << 'EOF' { "streamConfigs": [ { "bigqueryDestination": { "datasetUri": "bq://BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID", "schemaConfig": { "schemaType": "ANALYTICS_V2" } } } ] } EOF

Kemudian, jalankan perintah berikut untuk mengirim permintaan REST Anda:

curl -X PATCH \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID?updateMask=streamConfigs"

PowerShell

Catatan: Perintah berikut mengasumsikan bahwa Anda telah login ke gcloud CLI menggunakan akun pengguna Anda dengan menjalankan gcloud init atau gcloud auth login . Anda dapat memeriksa akun yang saat ini aktif dengan menjalankan gcloud auth list.

Simpan isi permintaan dalam file bernama request.json. Jalankan perintah berikut di terminal untuk membuat atau menimpa file ini di direktori saat ini:

@' { "streamConfigs": [ { "bigqueryDestination": { "datasetUri": "bq://BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID", "schemaConfig": { "schemaType": "ANALYTICS_V2" } } } ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

Kemudian jalankan perintah berikut untuk mengirim permintaan REST Anda:

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
-Method PATCH `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json; charset=utf-8" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID?updateMask=streamConfigs" | Select-Object -Expand Content

APIs Explorer

Salin isi permintaan dan buka halaman referensi metode. Panel APIs Explorer terbuka di sisi kanan halaman. Anda bisa berinteraksi dengan alat ini untuk mengirim permintaan. Tempelkan isi permintaan di alat ini, lengkapi kolom lainnya yang wajib diisi, lalu klik Jalankan.
Anda akan melihat respons JSON seperti berikut:
Respons

{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID", "version": "FHIR_STORE_VERSION", "streamConfigs": [ { "bigqueryDestination": { "datasetUri": "bq://BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID", "schemaConfig": { "schemaType": "ANALYTICS_V2" } } } ] }

Memverifikasi konfigurasi streaming ke BigQuery

Pastikan streaming dikonfigurasi dengan benar dengan menyelesaikan langkah-langkah berikut:

Buat resource Patient ketiga di penyimpanan FHIR:

REST

Sebelum menggunakan salah satu data permintaan, lakukan penggantian berikut:

PROJECT_ID: Google Cloud project ID Anda
LOCATION: lokasi set data induk
DATASET_ID: set data induk FHIR store
FHIR_STORE_ID: ID FHIR store

Meminta isi JSON:

{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Lee",
      "given": [
        "Alex"
      ]
    }
  ],
  "gender": "male",
  "birthDate": "1990-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}

Untuk mengirim permintaan Anda, pilih salah satu opsi berikut:

curl

Simpan isi permintaan dalam file bernama request.json. Jalankan perintah berikut di terminal untuk membuat atau menimpa file ini di direktori saat ini:

cat > request.json << 'EOF'
{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Lee",
      "given": [
        "Alex"
      ]
    }
  ],
  "gender": "male",
  "birthDate": "1990-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}
EOF

Kemudian, jalankan perintah berikut untuk mengirim permintaan REST Anda:

curl -X POST \
     -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
     -H "Content-Type: application/fhir+json" \
     -d @request.json \
     "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient"

PowerShell

Simpan isi permintaan dalam file bernama request.json. Jalankan perintah berikut di terminal untuk membuat atau menimpa file ini di direktori saat ini:

@'
{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Lee",
      "given": [
        "Alex"
      ]
    }
  ],
  "gender": "male",
  "birthDate": "1990-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}
'@  | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

Kemudian jalankan perintah berikut untuk mengirim permintaan REST Anda:

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
    -Method POST `
    -Headers $headers `
    -ContentType: "application/fhir+json" `
    -InFile request.json `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/Patient" | Select-Object -Expand Content

Anda akan melihat respons JSON seperti berikut:

Respons

{
  "birthDate": "1990-01-01",
  "gender": "male",
  "id": "PATIENT_ID",
  "meta": {
    "lastUpdated": "YYYY-MM-DDTHH:MM:SS+ZZ:ZZ",
    "versionId": "VERSION_ID"
  },
  "name": [
    {
      "family": "Lee",
      "given": [
        "Alex"
      ],
      "use": "official"
    }
  ],
  "resourceType": "Patient"
}

Buat kueri tabel BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.Patient dengan menjalankan bq query. BigQuery mengelola tabel menurut jenis resource FHIR. Sumber daya Pasien ketiga yang Anda buat ada di tabel Patient.
```
bq query \
   --project_id=BIGQUERY_PROJECT_ID \
   --use_legacy_sql=false \
   'SELECT COUNT(*) FROM `BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.Patient`'
```
Kueri menampilkan hasil berikut. Hasilnya menunjukkan bahwa ada satu catatan resource Pasien dalam tabel BigQuery, karena Anda menambahkan resource Pasien setelah mengonfigurasi streaming di penyimpanan FHIR.
```
+-----+
| f0_ |
+-----+
|   1 |
+-----+
```

Langkah 3: Mengekspor resource FHIR yang ada ke BigQuery

Jika Anda memiliki penyimpanan FHIR yang berisi data yang ingin disinkronkan dengan set data BigQuery, Anda harus menyelesaikan langkah-langkah berikut untuk memastikan data yang ada berada di BigQuery:

Konfigurasi streaming ke BigQuery.
Ekspor data yang ada ke set data BigQuery.

Untuk mengekspor dua resource Pasien yang ada di penyimpanan FHIR sebelum Anda mengonfigurasi streaming ke set data BigQuery, selesaikan langkah-langkah berikut:

Untuk mengekspor resource di penyimpanan FHIR ke BigQuery, jalankan perintah gcloud healthcare fhir-stores export bq. Perintah ini menggunakan flag --write-disposition=write-append, yang menambahkan data ke tabel BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.Patient yang ada.
```
gcloud healthcare fhir-stores export bq FHIR_STORE_ID \
   --dataset=DATASET_ID \
   --location=LOCATION \
   --bq-dataset=bq://BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET \
   --schema-type=analytics_v2 \
   --write-disposition=write-append
```
Buat kueri tabel BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.Patient untuk memverifikasi jumlah resource Pasien dalam set data BigQuery:
```
bq query \
   --project_id=BIGQUERY_PROJECT_ID \
   --use_legacy_sql=false \
   'SELECT COUNT(*) FROM `BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.Patient`'
```
Kueri menampilkan hasil berikut, yang menunjukkan bahwa ada 4 rekaman resource Pasien di tabel BigQuery:
```
+-----+
| f0_ |
+-----+
|   4 |
+-----+
```
Jumlah sebenarnya resource Pasien dalam tabel BigQuery adalah 3, tetapi kueri menampilkan 4. Ketidakkonsistenan dapat terjadi saat resource berisi duplikat dari operasi yang berbeda. Dalam hal ini, resource Pasien pertama ditambahkan ke tabel BigQuery dua kali ini:
- Saat pembuatan resource Pasien di-streaming
- Saat resource di penyimpanan FHIR diekspor ke BigQuery
Tabel BigQuery juga berisi histori mutasi resource Pasien pertama. Misalnya, jika Anda menghapus resource Pasien menggunakan fhir.delete, tabel BigQuery memiliki kolom meta.tag.code dengan nilai DELETE.
Untuk mendapatkan snapshot terbaru data di penyimpanan FHIR, buat kueri tampilan. Cloud Healthcare API membuat tampilan hanya dengan melihat versi terbaru setiap resource. Membuat kueri tampilan adalah cara paling akurat untuk menyinkronkan penyimpanan FHIR dan tabel BigQuery yang sesuai.

Untuk membuat kueri tampilan, jalankan perintah berikut:
```
bq query \
   --project_id=BIGQUERY_PROJECT_ID \
   --use_legacy_sql=false \
   'SELECT COUNT(*) FROM `BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.PatientView`'
```
Kueri menampilkan hasil berikut, yang dengan benar menunjukkan bahwa ada 3 resource Pasien dalam tabel BigQuery:
```
+-----+
| f0_ |
+-----+
|   3 |
+-----+
```

Langkah 4: Lakukan streaming resource dari beberapa penyimpanan FHIR ke set data BigQuery yang sama

Dalam beberapa kasus, Anda mungkin ingin melakukan streaming resource FHIR dari beberapa penyimpanan FHIR ke set data BigQuery yang sama untuk melakukan analisis pada resource FHIR gabungan dari penyimpanan FHIR.

Pada langkah-langkah berikut, Anda akan membuat penyimpanan FHIR kedua di set data Cloud Healthcare API yang sama dengan penyimpanan FHIR pertama, tetapi Anda dapat menggunakan penyimpanan FHIR dari set data yang berbeda saat menggabungkan resource FHIR.

Buat penyimpanan FHIR kedua dengan streaming BigQuery diaktifkan dan gunakan set data BigQuery yang sama dengan yang Anda gunakan di Mengonfigurasi streaming BigQuery di penyimpanan FHIR.
REST

Sebelum menggunakan salah satu data permintaan, lakukan penggantian berikut:
- PROJECT_ID: Google Cloud project ID Anda
- LOCATION: lokasi set data induk
- DATASET_ID: set data induk FHIR store
- SECOND_FHIR_STORE_ID: ID untuk FHIR store kedua. ID penyimpanan FHIR harus unik dalam set data. ID penyimpanan FHIR dapat berupa string Unicode apa pun dari 1 hingga 256 karakter yang terdiri dari angka, huruf, garis bawah, tanda hubung, dan titik.
- FHIR_STORE_VERSION: versi FHIR store: DSTU2, STU3, atau R4
- BIGQUERY_PROJECT_ID: project Google Cloud yang berisi set data BigQuery untuk streaming perubahan resource FHIR
- BIGQUERY_DATASET_ID: set data BigQuery tempat Anda melakukan streaming perubahan resource FHIR
Meminta isi JSON:
{ "version": "FHIR_STORE_VERSION" "streamConfigs": [ { "bigqueryDestination": { "datasetUri": "bq://BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID", "schemaConfig": { "schemaType": "ANALYTICS" } } } ] }
Untuk mengirim permintaan Anda, pilih salah satu opsi berikut:
curl

Catatan: Perintah berikut mengasumsikan bahwa Anda telah login ke gcloud CLI menggunakan akun pengguna Anda dengan menjalankan gcloud init atau gcloud auth login , atau dengan menggunakan Cloud Shell, yang secara otomatis membuat Anda login ke gcloud CLI . Anda dapat memeriksa akun yang saat ini aktif dengan menjalankan gcloud auth list.

Simpan isi permintaan dalam file bernama request.json. Jalankan perintah berikut di terminal untuk membuat atau menimpa file ini di direktori saat ini:

cat > request.json << 'EOF' { "version": "FHIR_STORE_VERSION" "streamConfigs": [ { "bigqueryDestination": { "datasetUri": "bq://BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID", "schemaConfig": { "schemaType": "ANALYTICS" } } } ] } EOF

Kemudian, jalankan perintah berikut untuk mengirim permintaan REST Anda:

curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores?fhirStoreId=SECOND_FHIR_STORE_ID"

PowerShell

Catatan: Perintah berikut mengasumsikan bahwa Anda telah login ke gcloud CLI menggunakan akun pengguna Anda dengan menjalankan gcloud init atau gcloud auth login . Anda dapat memeriksa akun yang saat ini aktif dengan menjalankan gcloud auth list.

Simpan isi permintaan dalam file bernama request.json. Jalankan perintah berikut di terminal untuk membuat atau menimpa file ini di direktori saat ini:

@' { "version": "FHIR_STORE_VERSION" "streamConfigs": [ { "bigqueryDestination": { "datasetUri": "bq://BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID", "schemaConfig": { "schemaType": "ANALYTICS" } } } ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

Kemudian jalankan perintah berikut untuk mengirim permintaan REST Anda:

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json; charset=utf-8" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores?fhirStoreId=SECOND_FHIR_STORE_ID" | Select-Object -Expand Content

APIs Explorer

Salin isi permintaan dan buka halaman referensi metode. Panel APIs Explorer terbuka di sisi kanan halaman. Anda bisa berinteraksi dengan alat ini untuk mengirim permintaan. Tempelkan isi permintaan di alat ini, lengkapi kolom lainnya yang wajib diisi, lalu klik Jalankan.
Anda akan melihat respons JSON seperti berikut:
Respons

{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/SECOND_FHIR_STORE_ID", "version": "VERSION", "streamConfigs": [ { "bigqueryDestination": { "datasetUri": "bq://BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID", "schemaConfig": { "schemaType": "ANALYTICS" } } } ] }

Buat resource Patient di penyimpanan FHIR kedua:

REST

Sebelum menggunakan salah satu data permintaan, lakukan penggantian berikut:

PROJECT_ID: Google Cloud project ID Anda
LOCATION: lokasi set data induk
DATASET_ID: set data induk FHIR store
SECOND_FHIR_STORE_ID: ID FHIR store kedua

Meminta isi JSON:

{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Lee",
      "given": [
        "Alex"
      ]
    }
  ],
  "gender": "male",
  "birthDate": "1990-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}

Untuk mengirim permintaan Anda, pilih salah satu opsi berikut:

curl

Simpan isi permintaan dalam file bernama request.json. Jalankan perintah berikut di terminal untuk membuat atau menimpa file ini di direktori saat ini:

cat > request.json << 'EOF'
{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Lee",
      "given": [
        "Alex"
      ]
    }
  ],
  "gender": "male",
  "birthDate": "1990-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}
EOF

Kemudian, jalankan perintah berikut untuk mengirim permintaan REST Anda:

curl -X POST \
     -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
     -H "Content-Type: application/fhir+json" \
     -d @request.json \
     "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/SECOND_FHIR_STORE_ID/fhir/Patient"

PowerShell

Simpan isi permintaan dalam file bernama request.json. Jalankan perintah berikut di terminal untuk membuat atau menimpa file ini di direktori saat ini:

@'
{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Lee",
      "given": [
        "Alex"
      ]
    }
  ],
  "gender": "male",
  "birthDate": "1990-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}
'@  | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

Kemudian jalankan perintah berikut untuk mengirim permintaan REST Anda:

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
    -Method POST `
    -Headers $headers `
    -ContentType: "application/fhir+json" `
    -InFile request.json `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/SECOND_FHIR_STORE_ID/fhir/Patient" | Select-Object -Expand Content

Anda akan melihat respons JSON seperti berikut:

Respons

{
  "birthDate": "1990-01-01",
  "gender": "male",
  "id": "PATIENT_ID",
  "meta": {
    "lastUpdated": "YYYY-MM-DDTHH:MM:SS+ZZ:ZZ",
    "versionId": "VERSION_ID"
  },
  "name": [
    {
      "family": "Cruz",
      "given": [
        "Taylor"
      ],
      "use": "official"
    }
  ],
  "resourceType": "Patient"
}

Buat kueri tabel BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.Patient untuk memverifikasi jumlah resource Pasien dalam tabel BigQuery:
```
bq query \
   --project_id=BIGQUERY_PROJECT_ID \
   --use_legacy_sql=false \
   'SELECT COUNT(*) FROM `BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.Patient`'
```
Saat melakukan streaming data tentang resource Pasien baru, BigQuery menggunakan tabel Patient yang ada di set data BigQuery. Kueri menampilkan hasil berikut, yang menunjukkan bahwa ada 5 rekaman resource Pasien di tabel BigQuery. Lihat Mengekspor resource FHIR yang ada ke BigQuery untuk mengetahui penjelasan mengapa tabel berisi 5 resource, bukan 4.
```
+-----+
| f0_ |
+-----+
|   5 |
+-----+
```

Jalankan perintah berikut untuk membuat kueri tampilan:

bq query \
   --project_id=BIGQUERY_PROJECT_ID \
   --use_legacy_sql=false \
   'SELECT COUNT(*) FROM `BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.PatientView`'

Kueri menampilkan hasil berikut, yang menunjukkan bahwa ada 4 resource Pasien di gabungan penyimpanan FHIR pertama dan kedua serta di tabel BigQuery:

+-----+
| f0_ |
+-----+
|   4 |
+-----+

Pembersihan

Jika Anda membuat project baru untuk tutorial ini, ikuti langkah-langkah di Menghapus project. Untuk menghapus sumber daya Cloud Healthcare API dan BigQuery saja, selesaikan langkah-langkah di Menghapus set data Cloud Healthcare API dan Menghapus set data BigQuery.

Menghapus project

Perhatian: Menghapus project memiliki efek berikut:

Semua hal dalam project akan dihapus. Jika menggunakan project yang sudah ada untuk tugas dalam dokumen ini, saat Anda menghapusnya, pekerjaan lain yang telah Anda lakukan dalam project tersebut juga akan terhapus.
Project ID kustom hilang. Saat membuat project ini, Anda mungkin telah membuat project ID kustom yang ingin digunakan di masa mendatang. Untuk mempertahankan URL yang menggunakan project ID, seperti URL appspot.com, hapus resource yang dipilih di dalam project, bukan menghapus seluruh project.

Jika Anda berencana mempelajari beberapa arsitektur, tutorial atau panduan memulai, dengan menggunakan kembali project dapat membantu Anda agar tidak melampaui batas kuota project.

In the Google Cloud console, go to the Manage resources page.
Go to Manage resources
In the project list, select the project that you want to delete, and then click Delete.
In the dialog, type the project ID, and then click Shut down to delete the project.

Menghapus set data Cloud Healthcare API

Jika tidak lagi memerlukan set data Cloud Healthcare API yang dibuat dalam tutorial ini, Anda dapat menghapusnya. Menghapus set data akan menghapus set data tersebut dan semua penyimpanan FHIR yang ada di dalamnya secara permanen.

Untuk menghapus set data, gunakan perintah gcloud healthcare datasets delete:
```
gcloud healthcare datasets delete DATASET_ID \
--location=LOCATION \
--project=PROJECT_ID
```
Ganti kode berikut:
- DATASET_ID: set data Cloud Healthcare API
- LOCATION: lokasi set data
- PROJECT_ID: Google Cloud project ID Anda
Untuk mengonfirmasi, ketik Y.

Outputnya adalah sebagai berikut:

Deleted dataset [DATASET_ID].

Menghapus set data BigQuery

Jika tidak lagi memerlukan set data BigQuery yang dibuat dalam tutorial ini, Anda dapat menghapusnya. Menghapus set data akan menghapus set data tersebut dan semua tabel yang ada di dalamnya secara permanen.

Hapus BIGQUERY_PROJECT_ID.set data BIGQUERY_DATASET_ID dengan menjalankan perintah bq rm:
```
bq rm --recursive=true BIGQUERY_PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID
```
Flag --recursive akan menghapus semua tabel dalam set data, termasuk tabel Patient.
Untuk mengonfirmasi, ketik Y.

Langkah berikutnya

Jika terjadi error saat melakukan streaming ke BigQuery, error tersebut dicatat ke Cloud Logging. Untuk mengetahui informasi selengkapnya, lihat Melihat log error di Cloud Logging.
Lihat ringkasan mengekspor resource FHIR ke BigQuery.
Untuk membuat, melihat, mencantumkan, atau menghapus penyimpanan FHIR, lihat Membuat dan mengelola penyimpanan FHIR.

Melakukan streaming dan menyinkronkan resource FHIR dengan BigQuery Tetap teratur dengan koleksi Simpan dan kategorikan konten berdasarkan preferensi Anda.

Tujuan

Sebelum memulai

Langkah 1: Mengonfigurasi izin BigQuery

Langkah 2: Konfigurasi dan verifikasi streaming BigQuery

Buat penyimpanan FHIR dan tambahkan resource Pasien

REST

curl

PowerShell

APIs Explorer

Respons

REST

curl

PowerShell

Respons

REST

curl

PowerShell

Respons

REST

curl

PowerShell

Respons

Mengonfigurasi streaming BigQuery di penyimpanan FHIR

REST

curl

PowerShell

APIs Explorer

Respons

Memverifikasi konfigurasi streaming ke BigQuery

REST

curl

PowerShell

Respons

Langkah 3: Mengekspor resource FHIR yang ada ke BigQuery

Langkah 4: Lakukan streaming resource dari beberapa penyimpanan FHIR ke set data BigQuery yang sama

REST

curl

PowerShell

APIs Explorer

Respons

REST

curl

PowerShell

Respons

Pembersihan

Menghapus project

Menghapus set data Cloud Healthcare API

Menghapus set data BigQuery

Langkah berikutnya

Melakukan streaming dan menyinkronkan resource FHIR dengan BigQuery