Gesundheitsdaten mit der Google Cloud CLI speichern
Auf dieser Seite erfahren Sie, wie Sie mit der Cloud Healthcare API und der Google Cloud CLI die folgenden Aufgaben ausführen:
- ein Cloud Healthcare API-Dataset erstellen
- Erstellen Sie einen der folgenden Datenspeicher im Dataset:
- DICOM-Speicher (Digital Imaging and Communications in Medicine)
- FHIR-Speicher (Fast Healthcare Interoperability Resources)
- Health Level Seven International Version 2-Speicher (HL7v2)
- DICOM-, FHIR- und HL7v2-Daten speichern und DICOM-Metadaten aufrufen.
Wenn Sie nur mit einem Datenspeichertyp arbeiten möchten, können Sie mit diesem Abschnitt der Kurzanleitung direkt fortfahren, nachdem Sie die Schritte in Vorbereitung und Ein Dataset erstellen ausgeführt haben.
Hinweise
- Sign in to your Google Cloud account. If you're new to Google Cloud, create an account to evaluate how our products perform in real-world scenarios. New customers also get $300 in free credits to run, test, and deploy workloads.
- Install the Google Cloud CLI.
-
To initialize the gcloud CLI, run the following command:
gcloud init
-
Create or select a Google Cloud project.
-
Create a Google Cloud project:
gcloud projects create PROJECT_ID
Replace
PROJECT_ID
with a name for the Google Cloud project you are creating. -
Select the Google Cloud project that you created:
gcloud config set project PROJECT_ID
Replace
PROJECT_ID
with your Google Cloud project name.
-
-
Make sure that billing is enabled for your Google Cloud project.
-
Enable the Cloud Healthcare API:
gcloud services enable healthcare.googleapis.com
-
Grant roles to your user account. Run the following command once for each of the following IAM roles:
roles/healthcare.datasetAdmin, roles/healthcare.fhirStoreAdmin, roles/healthcare.dicomStoreAdmin, roles/healthcare.hl7V2StoreAdmin
gcloud projects add-iam-policy-binding PROJECT_ID --member="user:USER_IDENTIFIER" --role=ROLE
- Replace
PROJECT_ID
with your project ID. -
Replace
USER_IDENTIFIER
with the identifier for your user account. For example,user:myemail@example.com
. - Replace
ROLE
with each individual role.
- Replace
- Install the Google Cloud CLI.
-
To initialize the gcloud CLI, run the following command:
gcloud init
-
Create or select a Google Cloud project.
-
Create a Google Cloud project:
gcloud projects create PROJECT_ID
Replace
PROJECT_ID
with a name for the Google Cloud project you are creating. -
Select the Google Cloud project that you created:
gcloud config set project PROJECT_ID
Replace
PROJECT_ID
with your Google Cloud project name.
-
-
Make sure that billing is enabled for your Google Cloud project.
-
Enable the Cloud Healthcare API:
gcloud services enable healthcare.googleapis.com
-
Grant roles to your user account. Run the following command once for each of the following IAM roles:
roles/healthcare.datasetAdmin, roles/healthcare.fhirStoreAdmin, roles/healthcare.dicomStoreAdmin, roles/healthcare.hl7V2StoreAdmin
gcloud projects add-iam-policy-binding PROJECT_ID --member="user:USER_IDENTIFIER" --role=ROLE
- Replace
PROJECT_ID
with your project ID. -
Replace
USER_IDENTIFIER
with the identifier for your user account. For example,user:myemail@example.com
. - Replace
ROLE
with each individual role.
- Replace
Dataset erstellen
Datasets enthalten Datenspeicher und Datenspeicher enthalten medizinische Daten. Um die Cloud Healthcare API verwenden zu können, müssen Sie mindestens ein Dataset erstellen.
Im folgenden Beispiel wird gezeigt, wie ein Dataset mit dem Namen my-dataset
in der Region us-central1
erstellt wird. Sie verwenden das Dataset in dieser Kurzanleitung, um DICOM-, FHIR- und HL7v2-Speicher zu erstellen.
gcloud
Erstellen Sie mit dem Befehl gcloud healthcare datasets create
ein Dataset.
Ersetzen Sie folgende Werte, bevor sie einen der Befehlsdaten verwenden:
PROJECT_ID
: Die ID des Google Cloud-Projekts, das Sie unter Vorbereitung erstellt oder ausgewählt haben
Führen Sie folgenden Befehl aus:
Linux, macOS oder Cloud Shell
gcloud healthcare datasets create my-dataset \ --project=PROJECT_ID \ --location=us-central1
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare datasets create my-dataset ` --project=PROJECT_ID ` --location=us-central1
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare datasets create my-dataset ^ --project=PROJECT_ID ^ --location=us-central1
Sie sollten eine Antwort ähnlich der folgenden erhalten:
Antwort
Create request issued for: [my-dataset] Created dataset [my-dataset].
Wählen Sie einen der folgenden Abschnitte aus, um diese Kurzanleitung abzuschließen:
DICOM-Instanz speichern und ansehen
In diesem Abschnitt wird beschrieben, wie Sie die folgenden Aufgaben ausführen:
- DICOM-Speicher erstellen
- DICOM-Instanz aus einem öffentlichen Cloud Storage-Bucket in den DICOM-Speicher importieren.
- Metadaten der DICOM-Instanz aufrufen
Die Cloud Healthcare API implementiert den DICOMweb-Standard zum Speichern und Abrufen von medizinischen Bilddaten.
DICOM-Speicher erstellen
DICOM-Speicher befinden sich in Datasets und enthalten DICOM-Instanzen. Das folgende Beispiel zeigt, wie Sie einen DICOM-Speicher mit dem Namen my-dicom-store
erstellen.
gcloud
Erstellen Sie einen DICOM-Speicher mit dem Befehl gcloud healthcare dicom-stores create
.
Ersetzen Sie folgende Werte, bevor sie einen der Befehlsdaten verwenden:
PROJECT_ID
: Die ID des Google Cloud-Projekts, das Sie unter Vorbereitung erstellt oder ausgewählt haben
Führen Sie folgenden Befehl aus:
Linux, macOS oder Cloud Shell
gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=my-dataset ` --location=us-central1
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=my-dataset ^ --location=us-central1
Sie sollten eine Antwort ähnlich der folgenden erhalten:
Antwort
Created dicomStore [my-dicom-store].
DICOM-Instanz importieren
Beispiele für DICOM-Daten finden Sie im Cloud Storage-Bucket gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray
.
gcloud
Importieren Sie die gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm
-Instanz mit dem Befehl gcloud healthcare dicom-stores import
.
Ersetzen Sie folgende Werte, bevor sie einen der Befehlsdaten verwenden:
PROJECT_ID
: Die ID des Google Cloud-Projekts, das Sie unter Vorbereitung erstellt oder ausgewählt haben
Führen Sie folgenden Befehl aus:
Linux, macOS oder Cloud Shell
gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1 \ --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=my-dataset ` --location=us-central1 ` --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=my-dataset ^ --location=us-central1 ^ --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm
In dieser Ausgabe gilt:
PROJECT_ID
,us-central1
,my-dataset
,my-dicom-store
sind die Werte, die Sie bei der Ausführung des Befehls angegeben habenOPERATION_ID
: Eine Kennung für den Vorgang mit langer Ausführungszeit, der von der Cloud Healthcare API bereitgestellt wird, wenn Sie eine DICOM-Instanz importieren. Lang andauernde Vorgänge werden zurückgegeben, wenn die Ausführung von Methodenaufrufen sehr lange dauern kann. Der Import einer DICOM-Instanz ist in der Regel schnell, sodass die Ausgabe fast sofort zurückgegeben wird.
Antwort
Request issued for: [my-dicom-store] Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done. name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store
Metadaten der DICOM-Instanz ansehen
Die gcloud CLI unterstützt keine DICOMweb-Transaktionen wie das Aufrufen oder Abrufen von Instanzen. Stattdessen können Sie das DICOMweb-Befehlszeilentool von Google verwenden, das mit Python ausgeführt wird. Informationen zum Einrichten von Python in Google Cloud finden Sie unter Python-Entwicklungsumgebung einrichten.
Führen Sie die folgenden Schritte aus, um die Metadaten der DICOM-Instanz mit dem DICOMweb-Befehlszeilentool aufzurufen:
Installieren Sie das DICOMweb-Befehlszeilentool mit Pip:
pip install https://github.com/GoogleCloudPlatform/healthcare-api-dicomweb-cli/archive/v1.0.zip
Aktualisieren Sie die Variable
PATH
, um den Installationsortdcmweb
aufzunehmen:export PATH="$HOME/bin:$PATH"
Rufen Sie die Metadaten der DICOM-Instanz auf:
dcmweb \ https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store/dicomWeb \ search instances
Ersetzen Sie
PROJECT_ID
durch die ID des Google Cloud-Projekts, das Sie unter Vorbereitung erstellt oder ausgewählt haben.Die Ausgabe sieht so aus. Informationen zu den Feldern in der Ausgabe finden Sie unter Attribute des SOP Common-Moduls.
[ { "00080016": { "Value": [ "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7" ], "vr": "UI" }, "00080018": { "Value": [ "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.153751009835107614666834563294684339746480" ], "vr": "UI" }, "00080060": { "Value": [ "DX" ], "vr": "CS" }, "00100020": { "Value": [ "1" ], "vr": "LO" }, "00100040": { "Value": [ "M" ], "vr": "CS" }, "0020000D": { "Value": [ "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.111396399361969898205364400549799252857604" ], "vr": "UI" }, "0020000E": { "Value": [ "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.195628213694300498946760767481291263511724" ], "vr": "UI" }, "00280010": { "Value": [ 1024 ], "vr": "US" }, "00280011": { "Value": [ 1024 ], "vr": "US" }, "00280100": { "Value": [ 8 ], "vr": "US" } } ]
Nachdem Sie die DICOM-Instanz in die Cloud Healthcare API importiert und ihre Metadaten aufgerufen haben, fahren Sie mit Bereinigen fort, um zu vermeiden, dass Ihrem Google Cloud-Konto die auf dieser Seite verwendeten Ressourcen in Rechnung gestellt werden.
Informationen zu den nächsten Schritten, z. B. zum Suchen oder Abrufen von DICOM-Images mit dem DICOMweb-Standard in der Cloud Healthcare API, finden Sie unter Nächste Schritte.
FHIR-Ressourcen speichern
In diesem Abschnitt wird beschrieben, wie Sie die folgenden Aufgaben ausführen:
- Erstellen Sie einen FHIR-Speicher.
- Importieren Sie FHIR-Ressourcen aus einem öffentlichen Cloud Storage-Bucket in den FHIR-Speicher.
FHIR-Speicher erstellen
FHIR-Speicher befinden sich in Datasets und enthalten FHIR-Ressourcen. Im folgenden Beispiel wird gezeigt, wie Sie einen FHIR-Speicher mit dem Namen my-fhir-store
erstellen, der die FHIR-Version R4 verwendet.
gcloud
Erstellen Sie mit dem Befehl gcloud healthcare fhir-stores create
einen FHIR-Speicher.
Ersetzen Sie folgende Werte, bevor sie einen der Befehlsdaten verwenden:
PROJECT_ID
: Die ID des Google Cloud-Projekts, das Sie unter Vorbereitung erstellt oder ausgewählt haben
Führen Sie folgenden Befehl aus:
Linux, macOS oder Cloud Shell
gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1 \ --version=R4
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=my-dataset ` --location=us-central1 ` --version=R4
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=my-dataset ^ --location=us-central1 ^ --version=R4
Sie sollten eine Antwort ähnlich der folgenden erhalten:
Antwort
Created fhirStore [my-fhir-store].
FHIR-Ressourcen importieren
Beispiele für FHIR-Daten finden Sie im Cloud Storage-Bucket gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients
.
gcloud
Importieren Sie die FHIR-Ressourcen mit dem Befehl gcloud healthcare fhir-stores import
in gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients
.
Ersetzen Sie folgende Werte, bevor sie einen der Befehlsdaten verwenden:
PROJECT_ID
: Die ID des Google Cloud-Projekts, das Sie unter Vorbereitung erstellt oder ausgewählt haben
Führen Sie folgenden Befehl aus:
Linux, macOS oder Cloud Shell
gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1 \ --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson \ --content-structure=RESOURCE
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=my-dataset ` --location=us-central1 ` --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson ` --content-structure=RESOURCE
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=my-dataset ^ --location=us-central1 ^ --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson ^ --content-structure=RESOURCE
In dieser Ausgabe gilt:
PROJECT_ID
,us-central1
,my-dataset
,my-fhir-store
sind die Werte, die Sie bei der Ausführung des Befehls angegeben habenOPERATION_ID
: Eine Kennung für den Vorgang mit langer Ausführungszeit, die von der Cloud Healthcare API bereitgestellt wird, wenn Sie eine FHIR-Ressource importieren. Lang andauernde Vorgänge werden zurückgegeben, wenn die Ausführung von Methodenaufrufen sehr lange dauern kann. Der Import der FHIR-Ressourcen dauert etwa eine bis zwei Minuten.R4
: die FHIR-Speicherversion
Antwort
Request issued for: [my-fhir-store] Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done. name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/fhirStores/my-fhir-store version: R4
Nachdem Sie die FHIR-Ressourcen in die Cloud Healthcare API importiert haben, fahren Sie mit Bereinigen fort, um zu vermeiden, dass Ihrem Google Cloud-Konto die auf dieser Seite verwendeten Ressourcen in Rechnung gestellt werden.
Informationen zu den nächsten Schritten, z. B. zum Aufrufen und Suchen von FHIR-Ressourcen, finden Sie unter Nächste Schritte.
HL7v2-Nachricht speichern
In diesem Abschnitt wird beschrieben, wie Sie die folgenden Aufgaben ausführen:
- HL7v2-Speicher erstellen.
- Importieren Sie eine HL7v2-Nachricht aus einem öffentlichen Cloud Storage-Bucket in den HL7v2-Speicher.
Die HL7v2-Implementierung in der Cloud Healthcare API entspricht dem HL7v2-Standard.
HL7v2-Speicher erstellen
HL7v2-Speicher befinden sich in Datasets und enthalten HL7v2-Nachrichten. Das folgende Beispiel zeigt, wie Sie einen HL7v2-Speicher mit dem Namen my-hl7v2-store
erstellen.
gcloud
Erstellen Sie mit dem Befehl gcloud healthcare hl7v2-stores create
einen HL7v2-Speicher.
Ersetzen Sie folgende Werte, bevor sie einen der Befehlsdaten verwenden:
PROJECT_ID
: Die ID des Google Cloud-Projekts, das Sie unter Vorbereitung erstellt oder ausgewählt haben
Führen Sie folgenden Befehl aus:
Linux, macOS oder Cloud Shell
gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=my-dataset ` --location=us-central1
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=my-dataset ^ --location=us-central1
Sie sollten eine Antwort ähnlich der folgenden erhalten:
Antwort
Created hl7v2Store [my-hl7v2-store].
HL7v2-Nachrichten importieren
gcloud
Importieren Sie die HL7v2-Nachricht gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson
mit dem Befehl gcloud healthcare hl7v2-stores import
.
Ersetzen Sie folgende Werte, bevor sie einen der Befehlsdaten verwenden:
PROJECT_ID
: Die ID des Google Cloud-Projekts, das Sie unter Vorbereitung erstellt oder ausgewählt haben
Führen Sie folgenden Befehl aus:
Linux, macOS oder Cloud Shell
gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1 \ --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=my-dataset ` --location=us-central1 ` --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=my-dataset ^ --location=us-central1 ^ --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson
In dieser Ausgabe gilt:
PROJECT_ID
,us-central1
,my-dataset
,my-hl7v2-store
sind die Werte, die Sie bei der Ausführung des Befehls angegeben habenOPERATION_ID
: Eine Kennung für den Vorgang mit langer Ausführungszeit, die von der Cloud Healthcare API bereitgestellt wird, wenn Sie eine HL7v2-Nachricht importieren. Lang andauernde Vorgänge werden zurückgegeben, wenn die Ausführung von Methodenaufrufen sehr lange dauern kann. Der Import einer HL7v2-Nachricht ist in der Regel schnell, sodass die Ausgabe fast sofort zurückgegeben wird.
Antwort
Request issued for: [my-hl7v2-store] Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done. name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/hl7V2Stores/my-hl7v2-store
Nachdem Sie die HL7v2-Nachricht in die Cloud Healthcare API importiert haben, fahren Sie mit dem Abschnitt Bereinigen fort, um zu vermeiden, dass Ihrem Google Cloud-Konto die auf dieser Seite verwendeten Ressourcen in Rechnung gestellt werden.
Informationen zu den nächsten Schritten, z. B. zum Anzeigen des Inhalts einer HL7v2-Nachricht, finden Sie unter Nächste Schritte.
Bereinigen
Löschen Sie das Google Cloud-Projekt mit den Ressourcen, damit Ihrem Google Cloud-Konto die auf dieser Seite verwendeten Ressourcen nicht in Rechnung gestellt werden.
Wenn Sie ein neues Projekt für diese Kurzanleitung erstellt haben, führen Sie die Schritte unter Projekt löschen aus. Andernfalls führen Sie die Schritte unter Dataset löschen aus.
Optional: Revoke credentials from the gcloud CLI.
gcloud auth revoke
Projekt löschen
Delete a Google Cloud project:
gcloud projects delete PROJECT_ID
Dataset löschen
Wenn Sie das in dieser Kurzanleitung erstellte Dataset nicht mehr benötigen, können Sie es löschen. Durch das Löschen eines Datasets werden das Dataset und alle darin enthaltenen FHIR-, HL7v2- oder DICOM-Speicher endgültig gelöscht.
gcloud
Löschen Sie ein Dataset mit dem Befehl gcloud healthcare datasets delete
.
Ersetzen Sie folgende Werte, bevor sie einen der Befehlsdaten verwenden:
PROJECT_ID
: Die ID des Google Cloud-Projekts, das Sie unter Vorbereitung erstellt oder ausgewählt haben
Führen Sie folgenden Befehl aus:
Linux, macOS oder Cloud Shell
gcloud healthcare datasets delete my-dataset \ --project=PROJECT_ID \ --location=us-central1
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare datasets delete my-dataset ` --project=PROJECT_ID ` --location=us-central1
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare datasets delete my-dataset ^ --project=PROJECT_ID ^ --location=us-central1
Antwort
You are about to delete dataset [my-dataset] Do you want to continue (Y/n)? Y Deleted dataset [my-dataset].
Wie ist es gelaufen?
Nächste Schritte
In den folgenden Abschnitten finden Sie allgemeine Informationen zur Cloud Healthcare API und dazu, wie Sie die Aufgaben in dieser Kurzanleitung mit einer anderen Benutzeroberfläche ausführen:
- Übersicht über die Konzepte der Cloud Healthcare API lesen
- Gesundheitsdaten mit
curl
oder PowerShell speichern - Gesundheitsdaten mit Clientbibliotheken speichern
- Gesundheitsdaten mit der gcloud CLI speichern
DICOM
- DICOM-Speicher erstellen und verwalten
- PACS mit der Cloud Healthcare API verbinden
- DICOMweb-Standard verwenden
- DICOM-Daten mit Cloud Storage importieren und exportieren
Informationen dazu, wie die Cloud Healthcare API den DICOMweb-Standard umsetzt, finden Sie in der DICOM-Konformitätserklärung.
FHIR
- FHIR-Speicher erstellen und verwalten
- FHIR-Ressourcen erstellen und verwalten
- FHIR-Daten mit Cloud Storage importieren und exportieren
Informationen dazu, wie die Cloud Healthcare API den FHIR-Standard umsetzt, finden Sie in der FHIR-Konformitätserklärung.