Menyimpan data layanan kesehatan dengan Google Cloud CLI

Halaman ini menunjukkan cara menggunakan Cloud Healthcare API dan Google Cloud CLI untuk menyelesaikan tugas-tugas berikut:

Membuat set data Cloud Healthcare API.
Buat salah satu penyimpanan data berikut di dalam set data:

Toko Digital Imaging and Communications in Medicine (DICOM)
Penyimpanan Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR)
Toko Health Level Seven International Version 2 (HL7v2)

Menyimpan data DICOM, FHIR, dan HL7v2, serta melihat metadata DICOM.

Jika Anda hanya tertarik untuk menggunakan satu jenis penyimpanan data, Anda dapat langsung melanjutkan ke bagian panduan memulai tersebut setelah menyelesaikan langkah-langkah di bagian Sebelum memulai dan Membuat set data.

Sebelum memulai

Login ke akun Google Cloud Anda. Jika Anda baru menggunakan Google Cloud, buat akun untuk mengevaluasi performa produk kami dalam skenario dunia nyata. Pelanggan baru juga mendapatkan kredit gratis senilai $300 untuk menjalankan, menguji, dan men-deploy workload.

Menginstal Google Cloud CLI.

Untuk initialize gcloud CLI, jalankan perintah berikut:

gcloud init

Buat atau pilih project Google Cloud.

Membuat project Google Cloud:
```
gcloud projects create PROJECT_ID
```
Ganti PROJECT_ID dengan nama untuk project Google Cloud yang Anda buat.
Pilih project Google Cloud yang Anda buat:
```
gcloud config set project PROJECT_ID
```
Ganti PROJECT_ID dengan nama project Google Cloud Anda.

Pastikan penagihan telah diaktifkan untuk project Google Cloud Anda.

Aktifkan Cloud Healthcare API:

gcloud services enable healthcare.googleapis.com

Berikan peran ke Akun Google Anda. Jalankan perintah berikut satu kali untuk setiap peran IAM berikut: roles/healthcare.datasetAdmin, roles/healthcare.fhirStoreAdmin, roles/healthcare.dicomStoreAdmin, roles/healthcare.hl7V2StoreAdmin

gcloud projects add-iam-policy-binding PROJECT_ID --member="user:EMAIL_ADDRESS" --role=ROLE

Ganti PROJECT_ID dengan project ID Anda.
Ganti EMAIL_ADDRESS dengan alamat email Anda.
Ganti ROLE dengan setiap peran individual.

Menginstal Google Cloud CLI.

Untuk initialize gcloud CLI, jalankan perintah berikut:

gcloud init

Buat atau pilih project Google Cloud.

Membuat project Google Cloud:
```
gcloud projects create PROJECT_ID
```
Ganti PROJECT_ID dengan nama untuk project Google Cloud yang Anda buat.
Pilih project Google Cloud yang Anda buat:
```
gcloud config set project PROJECT_ID
```
Ganti PROJECT_ID dengan nama project Google Cloud Anda.

Pastikan penagihan telah diaktifkan untuk project Google Cloud Anda.

Aktifkan Cloud Healthcare API:

gcloud services enable healthcare.googleapis.com

gcloud projects add-iam-policy-binding PROJECT_ID --member="user:EMAIL_ADDRESS" --role=ROLE

Ganti PROJECT_ID dengan project ID Anda.
Ganti EMAIL_ADDRESS dengan alamat email Anda.
Ganti ROLE dengan setiap peran individual.

Membuat set data

Set data berisi penyimpanan data, dan penyimpanan data berisi data layanan kesehatan. Untuk menggunakan Cloud Healthcare API, Anda harus membuat minimal satu set data.

Contoh berikut menunjukkan cara membuat set data bernama my-dataset di region us-central1. Anda akan menggunakan set data di seluruh panduan memulai ini untuk membuat penyimpanan DICOM, penyimpanan FHIR, dan penyimpanan HL7v2.

gcloud

Buat set data menggunakan perintah gcloud healthcare datasets create.

Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:

PROJECT_ID: ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di Sebelum memulai

Jalankan perintah berikut:

Linux, macOS, atau Cloud Shell

gcloud healthcare datasets create my-dataset \
  --project=PROJECT_ID \
  --location=us-central1

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare datasets create my-dataset `
  --project=PROJECT_ID `
  --location=us-central1

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare datasets create my-dataset ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --location=us-central1

Anda akan melihat respons seperti berikut:

Respons

Create request issued for: [my-dataset]
Created dataset [my-dataset].

Untuk menyelesaikan panduan memulai ini, pilih salah satu bagian berikut:

Menyimpan dan melihat instance DICOM
Menyimpan resource FHIR
Menyimpan pesan HL7v2

Menyimpan dan melihat instance DICOM

Bagian ini menunjukkan cara menyelesaikan tugas berikut:

Membuat penyimpanan DICOM.
Mengimpor instance DICOM dari bucket Cloud Storage publik ke penyimpanan DICOM.
Melihat metadata instance DICOM.

Cloud Healthcare API mengimplementasikan standar DICOMweb untuk menyimpan dan mengakses data citra medis.

Membuat penyimpanan DICOM

Penyimpanan DICOM ada di dalam set data dan berisi instance DICOM. Contoh berikut menunjukkan cara membuat penyimpanan DICOM bernama my-dicom-store.

gcloud

Buat penyimpanan DICOM menggunakan perintah gcloud healthcare dicom-stores create.

Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:

PROJECT_ID: ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di Sebelum memulai

Jalankan perintah berikut:

Linux, macOS, atau Cloud Shell

gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1

Anda akan melihat respons seperti berikut:

Respons

Created dicomStore [my-dicom-store].

Mengimpor instance DICOM

Contoh data DICOM tersedia di bucket Cloud Storage gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray.

gcloud

Impor instance gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm menggunakan perintah gcloud healthcare dicom-stores import.

Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:

PROJECT_ID: ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di Sebelum memulai

Jalankan perintah berikut:

Linux, macOS, atau Cloud Shell

gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1 `
  --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1 ^
  --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm

Dalam output ini:

PROJECT_ID, us-central1, my-dataset, my-dicom-store: nilai yang Anda berikan saat menjalankan perintah
OPERATION_ID: ID untuk operasi yang berjalan lama yang diberikan oleh Cloud Healthcare API saat Anda mengimpor instance DICOM. Operasi yang berjalan lama akan ditampilkan ketika panggilan metode mungkin memerlukan waktu lama untuk diselesaikan. Mengimpor satu instance DICOM biasanya merupakan operasi cepat, sehingga output-nya ditampilkan hampir seketika.

Respons

Request issued for: [my-dicom-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store

Melihat metadata instance DICOM

Gcloud CLI tidak mendukung transaksi DICOMweb, seperti melihat atau mengambil instance. Sebagai gantinya, Anda dapat menggunakan alat command line DICOMweb dari Google yang dijalankan menggunakan Python. Untuk mengetahui informasi tentang cara menyiapkan Python di Google Cloud, lihat Menyiapkan lingkungan pengembangan Python.

Selesaikan langkah-langkah berikut untuk melihat metadata instance DICOM menggunakan alat command line DICOMweb:

Instal alat command line DICOMweb menggunakan Pip:

pip install https://github.com/GoogleCloudPlatform/healthcare-api-dicomweb-cli/archive/v1.0.zip

Perbarui variabel PATH untuk menyertakan lokasi penginstalan dcmweb:
```
export PATH="$HOME/bin:$PATH"
```

Lihat metadata instance DICOM:

dcmweb \
  https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store/dicomWeb \
  search instances

Ganti PROJECT_ID dengan ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di bagian Sebelum memulai.

Output-nya adalah sebagai berikut. Lihat Atribut Modul Umum SOP untuk kolom dalam output.

[
  {
    "00080016": {
      "Value": [
        "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7"
      ],
      "vr": "UI"
    },
    "00080018": {
      "Value": [
        "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.153751009835107614666834563294684339746480"
      ],
      "vr": "UI"
    },
    "00080060": {
      "Value": [
        "DX"
      ],
      "vr": "CS"
    },
    "00100020": {
      "Value": [
        "1"
      ],
      "vr": "LO"
    },
    "00100040": {
      "Value": [
        "M"
      ],
      "vr": "CS"
    },
    "0020000D": {
      "Value": [
        "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.111396399361969898205364400549799252857604"
      ],
      "vr": "UI"
    },
    "0020000E": {
      "Value": [
        "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.195628213694300498946760767481291263511724"
      ],
      "vr": "UI"
    },
    "00280010": {
      "Value": [
        1024
      ],
      "vr": "US"
    },
    "00280011": {
      "Value": [
        1024
      ],
      "vr": "US"
    },
    "00280100": {
      "Value": [
        8
      ],
      "vr": "US"
    }
  }
]

Setelah mengimpor instance DICOM ke Cloud Healthcare API dan melihat metadatanya, lanjutkan ke Pembersihan agar tidak menimbulkan biaya pada akun Google Cloud Anda untuk resource yang digunakan di halaman ini.

Untuk mengetahui informasi tentang langkah berikutnya, seperti cara menelusuri atau mengambil gambar DICOM menggunakan standar DICOMweb di Cloud Healthcare API, lihat Langkah berikutnya.

Menyimpan resource FHIR

Bagian ini menunjukkan cara menyelesaikan tugas berikut:

Membuat penyimpanan FHIR.
Mengimpor resource FHIR dari bucket Cloud Storage publik ke penyimpanan FHIR.

Membuat penyimpanan FHIR

Penyimpanan FHIR ada di dalam {i>dataset<i} dan berisi sumber daya FHIR. Contoh berikut menunjukkan cara membuat penyimpanan FHIR bernama my-fhir-store yang menggunakan FHIR versi R4.

gcloud

Buat penyimpanan FHIR menggunakan perintah gcloud healthcare fhir-stores create.

Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:

PROJECT_ID: ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di Sebelum memulai

Jalankan perintah berikut:

Linux, macOS, atau Cloud Shell

gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --version=R4

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1 `
  --version=R4

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1 ^
  --version=R4

Anda akan melihat respons seperti berikut:

Respons

Created fhirStore [my-fhir-store].

Mengimpor resource FHIR

Contoh data FHIR tersedia di bucket Cloud Storage gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients.

gcloud

Impor resource FHIR di gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients menggunakan perintah gcloud healthcare fhir-stores import.

Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:

PROJECT_ID: ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di Sebelum memulai

Jalankan perintah berikut:

Linux, macOS, atau Cloud Shell

gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson \
  --content-structure=RESOURCE

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1 `
  --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson `
  --content-structure=RESOURCE

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1 ^
  --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson ^
  --content-structure=RESOURCE

Dalam output ini:

PROJECT_ID, us-central1, my-dataset, my-fhir-store: nilai yang Anda berikan saat menjalankan perintah
OPERATION_ID: ID untuk operasi yang berjalan lama yang disediakan oleh Cloud Healthcare API saat Anda mengimpor resource FHIR. Operasi yang berjalan lama akan ditampilkan ketika panggilan metode mungkin memerlukan waktu lama untuk diselesaikan. Mengimpor resource FHIR memerlukan waktu sekitar satu hingga dua menit.
R4: versi FHIR store

Respons

Request issued for: [my-fhir-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/fhirStores/my-fhir-store
version: R4

Setelah mengimpor resource FHIR ke Cloud Healthcare API, lanjutkan ke Clean up agar tidak menimbulkan biaya pada akun Google Cloud Anda untuk resource yang digunakan di halaman ini.

Untuk mengetahui informasi tentang langkah selanjutnya, seperti cara melihat dan menelusuri resource FHIR, lihat Langkah berikutnya.

Menyimpan pesan HL7v2

Bagian ini menunjukkan cara menyelesaikan tugas berikut:

Membuat penyimpanan HL7v2.
Mengimpor pesan HL7v2 dari bucket Cloud Storage publik ke penyimpanan HL7v2.

Implementasi HL7v2 di Cloud Healthcare API sesuai dengan standar HL7v2.

Membuat penyimpanan HL7v2

Penyimpanan HL7v2 ada di dalam {i>dataset<i} dan berisi pesan HL7v2. Contoh berikut menunjukkan cara membuat penyimpanan HL7v2 bernama my-hl7v2-store.

gcloud

Buat penyimpanan HL7v2 menggunakan perintah gcloud healthcare hl7v2-stores create.

Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:

PROJECT_ID: ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di Sebelum memulai

Jalankan perintah berikut:

Linux, macOS, atau Cloud Shell

gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1

Anda akan melihat respons seperti berikut:

Respons

Created hl7v2Store [my-hl7v2-store].

Mengimpor pesan HL7v2

gcloud

Impor pesan gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson HL7v2 menggunakan perintah gcloud healthcare hl7v2-stores import.

Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:

PROJECT_ID: ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di Sebelum memulai

Jalankan perintah berikut:

Linux, macOS, atau Cloud Shell

gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1 `
  --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1 ^
  --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson

Dalam output ini:

PROJECT_ID, us-central1, my-dataset, my-hl7v2-store: nilai yang Anda berikan saat menjalankan perintah
OPERATION_ID: ID untuk operasi yang berjalan lama yang diberikan oleh Cloud Healthcare API saat Anda mengimpor pesan HL7v2. Operasi yang berjalan lama akan ditampilkan ketika panggilan metode mungkin memerlukan waktu lama untuk diselesaikan. Mengimpor satu pesan HL7v2 biasanya merupakan operasi cepat, sehingga output-nya ditampilkan hampir seketika.

Respons

Request issued for: [my-hl7v2-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/hl7V2Stores/my-hl7v2-store

Setelah mengimpor pesan HL7v2 ke Cloud Healthcare API, lanjutkan ke Clean up untuk menghindari tagihan ke akun Google Cloud Anda untuk resource yang digunakan di halaman ini.

Untuk mengetahui informasi tentang langkah berikutnya, seperti cara melihat konten pesan HL7v2, lihat Langkah berikutnya.

Pembersihan

Agar tidak menimbulkan biaya pada akun Google Cloud Anda untuk resource yang digunakan pada halaman ini, hapus project Google Cloud yang berisi resource tersebut.

Jika Anda membuat project baru untuk panduan memulai ini, ikuti langkah-langkah di bagian Menghapus project. Jika tidak, ikuti langkah-langkah di Menghapus set data.

Opsional: Cabut kredensial dari gcloud CLI.

gcloud auth revoke

Menghapus project

Perhatian: Menghapus project memiliki efek berikut:

Semua hal dalam project akan dihapus. Jika menggunakan project yang sudah ada untuk tugas dalam dokumen ini, saat Anda menghapusnya, pekerjaan lain yang telah Anda lakukan dalam project tersebut juga akan terhapus.
Project ID kustom hilang. Saat membuat project ini, Anda mungkin telah membuat project ID kustom yang ingin digunakan di masa mendatang. Untuk mempertahankan URL yang menggunakan project ID, seperti URL appspot.com, hapus resource yang dipilih di dalam project, bukan menghapus seluruh project.

Jika Anda berencana mempelajari berbagai arsitektur, tutorial, atau panduan memulai, menggunakan kembali project dapat membantu agar Anda tidak melampaui batas kuota project.

Menghapus project Google Cloud:

gcloud projects delete PROJECT_ID

Menghapus set data

Jika tidak lagi memerlukan set data yang dibuat di panduan memulai ini, Anda dapat menghapusnya. Menghapus set data akan menghapus set data tersebut secara permanen dan semua FHIR, HL7v2, atau DICOM menyimpannya.

gcloud

Hapus set data menggunakan perintah gcloud healthcare datasets delete.

Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:

PROJECT_ID: ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di Sebelum memulai

Jalankan perintah berikut:

Linux, macOS, atau Cloud Shell

gcloud healthcare datasets delete my-dataset \
  --project=PROJECT_ID \
  --location=us-central1

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare datasets delete my-dataset `
  --project=PROJECT_ID `
  --location=us-central1

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare datasets delete my-dataset ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --location=us-central1

Untuk mengonfirmasi, ketik Y. Anda akan menerima respons seperti berikut.

Respons

You are about to delete dataset [my-dataset]

Do you want to continue (Y/n)?  Y

Deleted dataset [my-dataset].

Bagaimana hasilnya?

Langkah selanjutnya

Lihat bagian berikut untuk mengetahui informasi umum tentang Cloud Healthcare API dan cara melakukan tugas di panduan memulai ini menggunakan antarmuka lain:

DICOM

Lihat pernyataan kesesuaian DICOM untuk mengetahui informasi tentang cara Cloud Healthcare API menerapkan standar DICOMweb.

FHIR

Lihat pernyataan kesesuaian FHIR untuk mengetahui informasi tentang cara Cloud Healthcare API menerapkan standar FHIR.