Transmite metadatos de DICOM a BigQuery

En esta página, se describe cómo configurar un almacén de DICOM para exportar metadatos de instancia de DICOM a una tabla de BigQuery cada vez que ocurre una de las siguientes situaciones:

• Puedes almacenar una instancia de DICOM con la transacción de almacenamiento o importando objetos de DICOM desde un bucket de Cloud Storage.
• Para borrar una instancia de DICOM, usa una solicitud de eliminación.
• Cambias la clase de almacenamiento de una instancia de DICOM.

La transmisión de metadatos de DICOM a una tabla de BigQuery sincroniza la tabla con tus datos de DICOM para que puedas ejecutar consultas complejas en la versión más reciente de tu almacén de DICOM.

Antes de comenzar

Antes de configurar tu almacén de DICOM, completa lo siguiente

Configura permisos de BigQuery

Antes de transmitir metadatos de DICOM a BigQuery, debes otorgar los permisos necesarios a la cuenta de servicio del Agente de servicios de Cloud Healthcare. Para obtener más información, consulta Permisos de BigQuery para el almacén de DICOM.

Aprende a exportar metadatos de DICOM a BigQuery

Antes de configurar la transmisión, comprende cómo exportar metadatos de DICOM a BigQuery.

Configura el almacén de DICOM

Para habilitar la transmisión a BigQuery, configura el objeto StreamConfig en el almacén DICOM. En el objeto StreamConfig, establece el objeto BigQueryDestination en un URI de tabla de BigQuery completamente calificado como destino de metadatos de instancia de DICOM.

Puedes especificar hasta cinco destinos de BigQuery como objetos JSON separados por comas.

Si borras instancias de DICOM en un almacén de DICOM, no se borrarán las filas de BigQuery que contienen los metadatos de esas instancias.

{
  'streamConfigs': [{
     'bigqueryDestination': {
      'tableUri': 'bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID'
     }
  }]
}

cat > request.json << 'EOF'
{
  'streamConfigs': [{
     'bigqueryDestination': {
      'tableUri': 'bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID'
     }
  }]
}
EOF

curl -X PATCH \
     -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
     -H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
     -d @request.json \
     "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID?updateMask=streamConfigs"

@'
{
  'streamConfigs': [{
     'bigqueryDestination': {
      'tableUri': 'bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID'
     }
  }]
}
'@  | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
    -Method PATCH `
    -Headers $headers `
    -ContentType: "application/json; charset=utf-8" `
    -InFile request.json `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID?updateMask=streamConfigs" | Select-Object -Expand Content

{
  "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID",
  "streamConfigs": [
    {
      "bigqueryDestination": {
        "tableUri": "bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID"
      }
    }
  ]
}

Metadatos de eliminación

En versiones anteriores de la API de Cloud Healthcare, los metadatos de instancia de DICOM solo se exportaban a BigQuery cuando se insertaba una instancia de DICOM en un almacén de DICOM. Cuando se agregó la escritura de metadatos de para eliminaciones, se agregaron dos columnas nuevas, llamadas Type y LastUpdated, a la tabla generada que contienía los metadatos de DICOM.

Todos los metadatos de la tabla que existían antes de la introducción de los metadatos de eliminación tienen un valor NULL para estas columnas. NULL es el valor más bajo y aparece al final cuando se ordena por orden descendente.

Vista de BigQuery generada

Cuando insertas o borras una instancia de DICOM en un almacén de DICOM, se actualiza la tabla de BigQuery configurada.

Si no existe una vista de la tabla, se creará. De lo contrario, se actualizará la vista.

Limitaciones y comportamientos adicionales

Es posible que falten algunas etiquetas DICOM en los metadatos exportados. Si es así, las etiquetas faltantes se agregan a una columna independiente llamada DroppedTags.TagName en la tabla de BigQuery de destino.

Faltarán etiquetas por uno de los siguientes motivos:

• La etiqueta de DICOM es una RV no compatible que se indica en RV excluidas.
• La etiqueta DICOM supera aproximadamente 1 MB.
• La cantidad de columnas en la tabla de BigQuery de destino supera la cantidad máxima de columnas. Cuando la exportación de metadatos de DICOM a una tabla de BigQuery supera el límite de columnas, las etiquetas de DICOM que no coinciden con una columna existente se agregan a la columna DroppedTags.Name. Si no se puede agregar la columna DroppedTags, se descartan las etiquetas DICOM sin una notificación y se genera un registro de advertencia. Para obtener más información, consulta Cómo solucionar problemas de solicitudes de transmisión de DICOM para ver registros.

Incorpora metadatos de eliminación en una tabla existente

El comportamiento de la vista generada depende de si su tabla base contiene metadatos agregados antes de que se presentara la función de metadatos de eliminación.

Supongamos que una tabla de BigQuery contiene metadatos de DICOM anteriores a la compatibilidad con los metadatos de eliminación y, luego, ocurre lo siguiente:

1. Insertas una instancia de DICOM en un almacén de DICOM.
2. Borras la instancia de DICOM del almacén de DICOM.
3. Editas las etiquetas de la instancia de DICOM original y, luego, insertas la instancia de DICOM modificada en el almacén de DICOM.

Debido a que la tabla de BigQuery contenía los metadatos originales antes de que se admitieran los metadatos de eliminación, la instancia de DICOM original y su versión editada tienen los mismos identificadores únicos de estudio, serie e instancia (UID). La vista generada puede contener la instancia de DICOM original o la instancia de DICOM más reciente. Sin la columna LastUpdated, la vista no puede identificar qué instancia de DICOM es la más reciente.

Para asegurarte de consultar los metadatos de la instancia de DICOM más recientes, haz una de las siguientes acciones:

• Consulta la tabla base en lugar de la vista. Asegúrate de que la consulta busque las etiquetas actualizadas en la instancia de DICOM editada.

• Borra la tabla existente que contiene los metadatos de DICOM y, luego, vuelve a crearla mediante la exportación manual de los metadatos de DICOM a BigQuery. La tabla recreada contiene la columna LastUpdated.

  Esta opción quita los metadatos de transmisión históricos, pero garantiza que la tabla contenga la columna LastUpdated con valores válidos.

Soluciona problemas de solicitudes de transmisión de DICOM

Si se producen errores durante una solicitud de exportación de DICOM a BigQuery, se registran en Cloud Logging. Para obtener más información, consulta Visualiza los registros de errores en Cloud Logging.

Para filtrar los registros de errores de metadatos de DICOM de transmisión en la consola de Google Cloud, sigue estos pasos:

1. Ve a la página Explorador de registros.

   Ir al Explorador de registros

2. En el campo Consulta, ingresa la siguiente consulta:

   logName="healthcare.googleapis.com%2Fdicom_stream"
   

3. Haz clic en Ejecutar consulta.

   Los registros de errores se muestran en la sección Resultados de la consulta.