DICOM-Metadaten nach BigQuery streamen

Auf dieser Seite wird beschrieben, wie Sie einen DICOM-Speicher so konfigurieren, dass er DICOM-Instanzmetadaten in eine BigQuery-Tabelle exportiert, wenn eines der folgenden Ereignisse eintritt:

• Sie speichern eine DICOM-Instanz mit der Speichertransaktion oder indem Sie DICOM-Objekte aus einem Cloud Storage-Bucket importieren.
• Sie löschen eine DICOM-Instanz mit einer Lösch-Anfrage.
• Sie ändern die Speicherklasse einer DICOM-Instanz.

Wenn Sie DICOM-Metadaten in eine BigQuery-Tabelle streamen, wird die Tabelle mit Ihren DICOM-Daten synchronisiert. So können Sie komplexe Abfragen in der neuesten Version Ihres DICOM-Speichers ausführen.

Hinweise

Vor der Konfiguration des DICOM-Speichers müssen Sie Folgendes tun:

BigQuery-Berechtigungen festlegen

Bevor Sie DICOM-Metadaten nach BigQuery streamen, müssen Sie dem Dienstkonto Cloud Healthcare Service Agent die erforderlichen Berechtigungen erteilen. Weitere Informationen finden Sie unter BigQuery-Berechtigungen für den DICOM-Speicher.

DICOM-Metadaten nach BigQuery exportieren

Bevor Sie das Streaming konfigurieren, sollten Sie wissen, wie Sie DICOM-Metadaten nach BigQuery exportieren.

DICOM-Speicher konfigurieren

Konfigurieren Sie das Objekt StreamConfig in Ihrem DICOM-Speicher, um das Streaming in BigQuery zu aktivieren. Legen Sie im StreamConfig-Objekt das BigQueryDestination-Objekt als vollständig qualifizierten BigQuery-Tabelle-URI als Ziel für DICOM-Instanzmetadaten fest.

Sie können bis zu fünf BigQuery-Ziele als kommagetrennte JSON-Objekte angeben.

Wenn Sie DICOM-Instanzen in einem DICOM-Speicher löschen, werden die BigQuery-Zeilen, die die Metadaten für diese Instanzen enthalten, nicht gelöscht.

{
  'streamConfigs': [{
     'bigqueryDestination': {
      'tableUri': 'bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID'
     }
  }]
}

cat > request.json << 'EOF'
{
  'streamConfigs': [{
     'bigqueryDestination': {
      'tableUri': 'bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID'
     }
  }]
}
EOF

curl -X PATCH \
     -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
     -H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
     -d @request.json \
     "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID?updateMask=streamConfigs"

@'
{
  'streamConfigs': [{
     'bigqueryDestination': {
      'tableUri': 'bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID'
     }
  }]
}
'@  | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
    -Method PATCH `
    -Headers $headers `
    -ContentType: "application/json; charset=utf-8" `
    -InFile request.json `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID?updateMask=streamConfigs" | Select-Object -Expand Content

{
  "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID",
  "streamConfigs": [
    {
      "bigqueryDestination": {
        "tableUri": "bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID"
      }
    }
  ]
}

Metadaten zum Löschen

In früheren Versionen der Cloud Healthcare API wurden DICOM-Instanzmetadaten nur dann nach BigQuery exportiert, wenn eine DICOM-Instanz in einen DICOM-Speicher eingefügt wurde. Beim Schreiben von Metadaten für Löschvorgänge wurden der erstellten Tabelle zwei neue Spalten mit den Namen Type und LastUpdated hinzugefügt, die die DICOM-Metadaten enthalten.

Alle Metadaten in der Tabelle, die vor der Einführung von Löschmetadaten vorhanden waren, haben für diese Spalten einen NULL-Wert. Ein NULL ist der niedrigste Wert und wird bei der Sortierung in absteigender Reihenfolge als Letztes angezeigt.

Generierte BigQuery-Ansicht

Wenn Sie eine DICOM-Instanz in einen DICOM-Speicher einfügen oder daraus löschen, wird die konfigurierte BigQuery-Tabelle aktualisiert.

Wenn keine Ansicht der Tabelle vorhanden ist, wird sie erstellt. Andernfalls wird die Ansicht aktualisiert.

Einschränkungen und zusätzliches Verhalten

In den exportierten Metadaten fehlen möglicherweise einige DICOM-Tags. In diesem Fall werden die fehlenden Tags in der BigQuery-Tabelle einer separaten Spalte mit dem Namen DroppedTags.TagName hinzugefügt.

Tags fehlen aus einem der folgenden Gründe:

• Das DICOM-Tag ist eine nicht unterstützte VR, die in Ausgeschlossene VRs aufgeführt ist.
• Das DICOM-Tag überschreitet ungefähr 1 MB.
• Die Anzahl der Spalten in der BigQuery-Tabelle überschreitet die maximale Anzahl von Spalten. Wenn beim Exportieren von DICOM-Metadaten in eine BigQuery-Tabelle das Spaltenlimit überschritten wird, werden der Spalte DroppedTags.Name DICOM-Tags hinzugefügt, die nicht mit einer vorhandenen Spalte übereinstimmen. Wenn die Spalte DroppedTags nicht hinzugefügt werden kann, werden die DICOM-Tags ohne Benachrichtigung gelöscht und ein Warnprotokoll generiert. Weitere Informationen finden Sie unter Fehlerbehebung bei DICOM-Streaminganfragen zum Ansehen von Protokollen.

Löschmetadaten in eine vorhandene Tabelle einbinden

Das Verhalten der generierten Ansicht hängt davon ab, ob die Basistabelle Metadaten enthält, die vor der Einführung der Funktion Metadaten zum Löschen hinzugefügt wurden.

Angenommen, eine BigQuery-Tabelle enthält DICOM-Metadaten, die vor der Unterstützung von Löschmetadaten erstellt wurden. In diesem Fall geschieht Folgendes:

1. Sie fügen eine DICOM-Instanz in einen DICOM-Speicher ein.
2. Sie löschen die DICOM-Instanz aus dem DICOM-Speicher.
3. Sie bearbeiten die Tags der ursprünglichen DICOM-Instanz und fügen die geänderte DICOM-Instanz in den DICOM-Speicher ein.

Da die BigQuery-Tabelle die ursprünglichen Metadaten enthielt, bevor Löschmetadaten unterstützt wurden, haben die ursprüngliche DICOM-Instanz und ihre bearbeitete Version dieselben eindeutigen IDs für Studien, Serien und Instanzen. Die generierte Ansicht kann entweder die ursprüngliche DICOM-Instanz oder die neueste DICOM-Instanz enthalten. Ohne die Spalte LastUpdated kann in der Ansicht nicht ermittelt werden, welche DICOM-Instanz neuer ist.

Führen Sie einen der folgenden Schritte aus, um sicherzustellen, dass Sie die aktuellsten Metadaten der DICOM-Instanz abfragen:

• Fragen Sie die Basistabelle anstelle der Ansicht ab. Achten Sie darauf, dass in der Abfrage nach den aktualisierten Tags in der bearbeiteten DICOM-Instanz gesucht wird.

• Löschen Sie die vorhandene DICOM-Metadaten-Tabelle und erstellen Sie sie dann neu. Dazu exportieren Sie die DICOM-Metadaten manuell nach BigQuery. Die neu erstellte Tabelle enthält die Spalte LastUpdated.

  Mit dieser Option werden historische Streaming-Metadaten entfernt. Sie sorgt aber auch dafür, dass die Tabelle die Spalte LastUpdated mit gültigen Werten enthält.

Fehlerbehebung bei DICOM-Streaminganfragen

Wenn Fehler während einer DICOM-Anfrage zum Exportieren von Metadaten nach BigQuery auftreten, werden die Fehler in Cloud Logging protokolliert. Weitere Informationen finden Sie unter Fehlerlogs in Cloud Logging ansehen.

So filtern Sie Streaming-DICOM-Metadatenfehlerprotokolle in der Google Cloud Console:

1. Rufen Sie die Seite Log-Explorer auf.

   Zum Log-Explorer

2. Geben Sie im Feld Query die folgende Abfrage ein:

   logName="healthcare.googleapis.com%2Fdicom_stream"
   

3. Klicken Sie auf Abfrage ausführen.

   Alle Fehlerprotokolle werden im Bereich Abfrageergebnisse angezeigt.