使用 Google Cloud CLI 存储医疗保健数据

准备工作

Sign in to your Google Cloud account. If you're new to Google Cloud, create an account to evaluate how our products perform in real-world scenarios. New customers also get $300 in free credits to run, test, and deploy workloads.
Install the Google Cloud CLI.
如果您使用的是外部身份提供方 (IdP)，则必须先 使用联合身份登录 gcloud CLI。
如需初始化 gcloud CLI，请运行以下命令：
gcloud init
Create or select a Google Cloud project.
• Create a Google Cloud project:

  gcloud projects create PROJECT_ID

  Replace PROJECT_ID with a name for the Google Cloud project you are creating.

• Select the Google Cloud project that you created:

  gcloud config set project PROJECT_ID

  Replace PROJECT_ID with your Google Cloud project name.
Verify that billing is enabled for your Google Cloud project.
Enable the Cloud Healthcare API:
gcloud services enable healthcare.googleapis.com
Grant roles to your user account. Run the following command once for each of the following IAM roles: roles/healthcare.datasetAdmin, roles/healthcare.fhirStoreAdmin, roles/healthcare.dicomStoreAdmin, roles/healthcare.hl7V2StoreAdmin
gcloud projects add-iam-policy-binding PROJECT_ID --member="user:USER_IDENTIFIER" --role=ROLE
Replace the following:
• PROJECT_ID: your project ID.
• USER_IDENTIFIER: the identifier for your user account—for example, myemail@example.com.
• ROLE: the IAM role that you grant to your user account.

Install the Google Cloud CLI.

如果您使用的是外部身份提供方 (IdP)，则必须先 使用联合身份登录 gcloud CLI。

如需初始化 gcloud CLI，请运行以下命令：

gcloud init

Create or select a Google Cloud project.

• Create a Google Cloud project:

  gcloud projects create PROJECT_ID

  Replace PROJECT_ID with a name for the Google Cloud project you are creating.

• Select the Google Cloud project that you created:

  gcloud config set project PROJECT_ID

  Replace PROJECT_ID with your Google Cloud project name.

Verify that billing is enabled for your Google Cloud project.

Enable the Cloud Healthcare API:

gcloud services enable healthcare.googleapis.com

Grant roles to your user account. Run the following command once for each of the following IAM roles: roles/healthcare.datasetAdmin, roles/healthcare.fhirStoreAdmin, roles/healthcare.dicomStoreAdmin, roles/healthcare.hl7V2StoreAdmin

gcloud projects add-iam-policy-binding PROJECT_ID --member="user:USER_IDENTIFIER" --role=ROLE

Replace the following:

• PROJECT_ID: your project ID.
• USER_IDENTIFIER: the identifier for your user account—for example, myemail@example.com.
• ROLE: the IAM role that you grant to your user account.

创建数据集

数据集包含数据存储区，数据存储区包含医疗保健数据。 要使用 Cloud Healthcare API，您必须至少创建一个数据集。

以下示例展示了如何在 us-central1 区域中创建名为 my-dataset 的数据集。在本快速入门中，您将使用该数据集来创建 DICOM 存储区、FHIR 存储区和 HL7v2 存储区。

gcloud

使用 gcloud healthcare datasets create 命令创建数据集。

在使用下面的命令数据之前，请先进行以下替换：

• PROJECT_ID：您在准备工作中创建或选择的 Google Cloud 项目的 ID

执行以下命令：

Linux、macOS 或 Cloud Shell

gcloud healthcare datasets create my-dataset \
  --project=PROJECT_ID \
  --location=us-central1

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare datasets create my-dataset `
  --project=PROJECT_ID `
  --location=us-central1

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare datasets create my-dataset ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --location=us-central1

您应该会收到类似如下所示的响应：

响应

Create request issued for: [my-dataset]
Created dataset [my-dataset].

如需完成本快速入门，请从以下部分中选择一个：

• 存储和查看 DICOM 实例
• 存储 FHIR 资源
• 存储 HL7v2 消息

存储和查看 DICOM 实例

本部分介绍了如何完成以下任务：

1. 创建 DICOM 存储区。
2. 将 DICOM 实例从公共 Cloud Storage 存储桶导入 DICOM 存储区。
3. 查看 DICOM 实例的元数据。

Cloud Healthcare API 实现了 DICOMweb 标准，用于存储和访问医学成像数据。

创建 DICOM 存储区

DICOM 存储区位于数据集内，包含 DICOM 实例。以下示例展示了如何创建名为 my-dicom-store 的 DICOM 存储区。

gcloud

使用 gcloud healthcare dicom-stores create 命令创建 DICOM 存储区。

在使用下面的命令数据之前，请先进行以下替换：

• PROJECT_ID：您在准备工作中创建或选择的 Google Cloud 项目的 ID

执行以下命令：

Linux、macOS 或 Cloud Shell

gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1

您应该会收到类似如下所示的响应：

响应

Created dicomStore [my-dicom-store].

导入 DICOM 实例

gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray Cloud Storage 存储桶中提供了示例 DICOM 数据。

gcloud

使用 gcloud healthcare dicom-stores import 命令导入 gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm 实例。

在使用下面的命令数据之前，请先进行以下替换：

• PROJECT_ID：您在准备工作中创建或选择的 Google Cloud 项目的 ID

执行以下命令：

Linux、macOS 或 Cloud Shell

gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1 `
  --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1 ^
  --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm

在此输出中：

• PROJECT_ID、us-central1、my-dataset、my-dicom-store：运行命令时您提供的值
• OPERATION_ID：您导入 DICOM 实例时，Cloud Healthcare API 提供的长时间运行的操作的标识符。如果方法调用可能需要很长时间才能完成，系统就会返回长时间运行的操作。导入一个 DICOM 实例通常是一项快速操作，因此输出几乎会立即返回。

响应

Request issued for: [my-dicom-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store

查看 DICOM 实例元数据

gcloud CLI 不支持 DICOMweb 事务，例如查看或检索实例。您可以改用 Google 的 DICOMweb 命令行工具，该工具使用 Python 运行。如需了解如何在 Google Cloud上设置 Python，请参阅设置 Python 开发环境。

完成以下步骤，使用 DICOMweb 命令行工具查看 DICOM 实例元数据：

1. 使用 Pip 安装 DICOMweb 命令行工具：

   pip install https://github.com/GoogleCloudPlatform/healthcare-api-dicomweb-cli/archive/v1.0.zip
   

2. 更新 PATH 变量以包括 dcmweb 安装位置：

   export PATH="$HOME/bin:$PATH"
   

3. 查看 DICOM 实例的元数据：

   dcmweb \
     https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store/dicomWeb \
     search instances

   将 PROJECT_ID 替换为您在准备工作中创建或选择的 Google Cloud 项目的 ID。

   输出如下所示。如需了解输出中的字段，请参阅 SOP 通用模块的属性。

   [
     {
       "00080016": {
         "Value": [
           "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7"
         ],
         "vr": "UI"
       },
       "00080018": {
         "Value": [
           "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.153751009835107614666834563294684339746480"
         ],
         "vr": "UI"
       },
       "00080060": {
         "Value": [
           "DX"
         ],
         "vr": "CS"
       },
       "00100020": {
         "Value": [
           "1"
         ],
         "vr": "LO"
       },
       "00100040": {
         "Value": [
           "M"
         ],
         "vr": "CS"
       },
       "0020000D": {
         "Value": [
           "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.111396399361969898205364400549799252857604"
         ],
         "vr": "UI"
       },
       "0020000E": {
         "Value": [
           "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.195628213694300498946760767481291263511724"
         ],
         "vr": "UI"
       },
       "00280010": {
         "Value": [
           1024
         ],
         "vr": "US"
       },
       "00280011": {
         "Value": [
           1024
         ],
         "vr": "US"
       },
       "00280100": {
         "Value": [
           8
         ],
         "vr": "US"
       }
     }
   ]
   

将 DICOM 实例导入 Cloud Healthcare API 并查看其元数据后，请继续清理，以避免因本页中使用的资源导致您的 Google Cloud 账号产生费用。

如需了解后续步骤（例如如何使用 Cloud Healthcare API 中的 DICOMweb 标准搜索或检索 DICOM 映像），请参阅后续步骤。

存储 FHIR 资源

本部分介绍了如何完成以下任务：

1. 创建 FHIR 存储区。
2. 将 FHIR 资源从公共 Cloud Storage 存储桶导入 FHIR 存储区。

创建 FHIR 存储区

FHIR 存储区位于数据集内，包含 FHIR 资源。以下示例展示了如何创建名为 my-fhir-store 且使用 FHIR 版本 R4 的 FHIR 存储区。

gcloud

使用 gcloud healthcare fhir-stores create 命令创建 FHIR 存储区。

在使用下面的命令数据之前，请先进行以下替换：

• PROJECT_ID：您在准备工作中创建或选择的 Google Cloud 项目的 ID

执行以下命令：

Linux、macOS 或 Cloud Shell

gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --version=R4

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1 `
  --version=R4

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1 ^
  --version=R4

您应该会收到类似如下所示的响应：

响应

Created fhirStore [my-fhir-store].

导入 FHIR 资源

gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients Cloud Storage 存储桶中提供了示例 FHIR 数据。

gcloud

使用 gcloud healthcare fhir-stores import 命令导入 gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients 中的 FHIR 资源。

在使用下面的命令数据之前，请先进行以下替换：

• PROJECT_ID：您在准备工作中创建或选择的 Google Cloud 项目的 ID

执行以下命令：

Linux、macOS 或 Cloud Shell

gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson \
  --content-structure=RESOURCE

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1 `
  --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson `
  --content-structure=RESOURCE

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1 ^
  --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson ^
  --content-structure=RESOURCE

在此输出中：

• PROJECT_ID、us-central1、my-dataset、my-fhir-store：运行命令时您提供的值
• OPERATION_ID：导入 FHIR 资源时，Cloud Healthcare API 提供的长时间运行的操作的标识符。如果方法调用可能需要很长时间才能完成，系统就会返回长时间运行的操作。导入 FHIR 资源大约需要 1 到 2 分钟。
• R4：FHIR 存储区版本

响应

Request issued for: [my-fhir-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/fhirStores/my-fhir-store
version: R4

将 FHIR 资源导入 Cloud Healthcare API 后，请继续清理，以避免因本页面中使用的资源导致您的 Google Cloud 账号产生费用。

如需了解后续步骤（例如如何查看和搜索 FHIR 资源），请参阅后续步骤。

存储 HL7v2 消息

本部分介绍了如何完成以下任务：

1. 创建 HL7v2 存储区
2. 将 HL7v2 消息从公共 Cloud Storage 存储桶导入到 HL7v2 存储区。

Cloud Healthcare API 中的 HL7v2 实现符合 HL7v2 标准。

创建 HL7v2 存储区

HL7v2 存储区位于数据集内，其中包含 HL7v2 消息。以下示例展示了如何创建名为 my-hl7v2-store 的 HL7v2 存储区。

gcloud

使用 gcloud healthcare hl7v2-stores create 命令创建 HL7v2 存储区。

在使用下面的命令数据之前，请先进行以下替换：

• PROJECT_ID：您在准备工作中创建或选择的 Google Cloud 项目的 ID

执行以下命令：

Linux、macOS 或 Cloud Shell

gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1

您应该会收到类似如下所示的响应：

响应

Created hl7v2Store [my-hl7v2-store].

导入 HL7v2 消息

gcloud

使用 gcloud healthcare hl7v2-stores import 命令导入 gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson HL7v2 消息。

在使用下面的命令数据之前，请先进行以下替换：

• PROJECT_ID：您在准备工作中创建或选择的 Google Cloud 项目的 ID

执行以下命令：

Linux、macOS 或 Cloud Shell

gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1 `
  --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1 ^
  --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson

在此输出中：

• PROJECT_ID、us-central1、my-dataset、my-hl7v2-store：运行命令时您提供的值
• OPERATION_ID：您导入 HL7v2 消息时，Cloud Healthcare API 提供的长时间运行的操作的标识符。如果方法调用可能需要很长时间才能完成，系统就会返回长时间运行的操作。导入一条 HL7v2 消息通常是一项快速操作，因此输出几乎会立即返回。

响应

Request issued for: [my-hl7v2-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/hl7V2Stores/my-hl7v2-store

将 HL7v2 消息导入 Cloud Healthcare API 后，请继续清理，以避免因本页面中使用的资源导致您的 Google Cloud 账号产生费用。

如需了解后续步骤（例如如何查看 HL7v2 消息的内容），请参阅后续步骤。

清理

为避免因本页面中使用的资源导致您的 Google Cloud 账号产生费用，请删除包含这些资源的 Google Cloud 项目。

如果您为此快速入门创建了新项目，请按照删除项目中的步骤操作。否则，请按照删除数据集中的步骤操作。

Optional: Revoke credentials from the gcloud CLI.

gcloud auth revoke

删除项目

Delete a Google Cloud project:

gcloud projects delete PROJECT_ID

删除数据集

如果您不再需要在本快速入门中创建的数据集，可以将其删除。删除数据集会永久删除该数据集以及其中包含的任何 FHIR、HL7v2 或 DICOM 存储区。

gcloud

使用 gcloud healthcare datasets delete 命令删除数据集。

在使用下面的命令数据之前，请先进行以下替换：

• PROJECT_ID：您在准备工作中创建或选择的 Google Cloud 项目的 ID

执行以下命令：

Linux、macOS 或 Cloud Shell

gcloud healthcare datasets delete my-dataset \
  --project=PROJECT_ID \
  --location=us-central1

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare datasets delete my-dataset `
  --project=PROJECT_ID `
  --location=us-central1

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare datasets delete my-dataset ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --location=us-central1

如需确认，请输入 Y。您应该会收到类似如下所示的响应。

响应

You are about to delete dataset [my-dataset]

Do you want to continue (Y/n)?  Y

Deleted dataset [my-dataset].

结果怎么样？

成功了！

遇到了问题！

后续步骤

如需了解有关 Cloud Healthcare API 的一般信息以及如何使用其他界面执行本快速入门中的任务，请参阅以下部分：

• 阅读 Cloud Healthcare API 概念概览
• 使用 curl 或 PowerShell 存储医疗保健数据
• 使用客户端库存储医疗保健数据
• 使用 gcloud CLI 存储医疗保健数据

DICOM

• 创建和管理 DICOM 存储区
• 将 PACS 连接到 Cloud Healthcare API
• 使用 DICOMweb 标准
• 使用 Cloud Storage 导入和导出 DICOM 数据

如需了解 Cloud Healthcare API 如何实现 DICOMweb 标准，请参阅 DICOM 一致性声明。

FHIR

• 创建和管理 FHIR 存储区
• 创建和管理 FHIR 资源
• 使用 Cloud Storage 导入和导出 FHIR 数据

如需了解 Cloud Healthcare API 如何实现 FHIR 标准，请参阅 FHIR 一致性声明。

HL7v2

• 创建和管理 HL7v2 商店
• 创建和管理 HL7v2 消息
• 通过 TCP/IP 连接传输 HL7v2 消息
• 使用 Cloud Storage 导入和导出 HL7v2 消息