En esta página, se explica cómo desidentificar datos DICOM y escribir metadatos sobre la operación de desidentificación y qué se desidentificó en un almacén de FHIR. Los metadatos se almacenan en recursos de procedencia de FHIR en el almacén de FHIR. Luego, puedes consultar los datos mediante búsquedas personalizadas de FHIR para responder preguntas como las siguientes:
- ¿Qué se desidentificó?
- ¿Cómo y por qué se desidentificaron los datos?
- ¿Cuándo ocurrió la operación de desidentificación y cuánto tiempo llevó?
Antes de comenzar
Usa FHIR en lugar de anotaciones
La API de Cloud Healthcare ofrece una API de anotaciones que puedes usar para anotar datos desidentificados.
Escribir metadatos de operación de desidentificación en un almacén de FHIR funciona de manera similar y tiene las siguientes ventajas:
- No necesitas usar la API de anotaciones, que es una API separada.
- No es necesario crear y administrar almacenes de anotaciones ni registros de anotaciones.
- Puedes seguir trabajando con el estándar de FHIR y la API de FHIR de la API de Cloud Healthcare.
- Puedes exportar los recursos de FHIR a BigQuery para explorarlos y analizarlos. Los datos generados solo son compatibles con el
SchemaTypeLOSSLESSoANALYTICS_V2.- Puedes transmitir los cambios en recursos de FHIR a BigQuery para sincronizar los datos en un almacén de FHIR con un conjunto de datos de BigQuery casi en tiempo real.
- Se proporciona más información sobre los metadatos de la operación de desidentificación.
Requisitos
El almacén de FHIR que contiene los metadatos de operación de desidentificación debe cumplir con los siguientes requisitos:
- Ya debe existir.
- Debe ser un almacén de FHIR de versión R4.
- Debe tener
enableUpdateCreateconfigurado comotrue.
Recursos de procedencia en el almacén de FHIR de metadatos de operación
Cuando ejecutas una operación de desidentificación de DICOM, se escriben los siguientes recursos de procedencia en el almacén de FHIR de metadatos de operación:
Un recurso de procedencia que resume la operación de desidentificación, como el nombre de la operación de larga duración, cuándo se produjo la operación y qué configuración se usó. Para obtener una lista de los campos de este recurso de procedencia, consulta Metadatos de operación de desidentificación en un recurso de procedencia.
Un recurso de procedencia para cada instancia de DICOM que se desidentificó. Para obtener una lista de los campos de este recurso de procedencia, consulta Metadatos de desidentificación de DICOM en un recurso de procedencia.
- El recurso contiene información sobre lo que se desidentificó, como una etiqueta de DICOM o la parte de una imagen de DICOM, y las acciones que se realizaron, por ejemplo, si la información se ocultó, transformó o ignoró.
El recurso puede contener datos desidentificados procesador por el reconocimiento óptico de caracteres (OCR) que se encuentran dentro del alcance de la información de salud protegida (PHI).
El texto desidentificado, o
quote, se acompaña con su tipo de información, oinfoType, y la probabilidad de encontrar la información, oconfidence. Por ejemplo, si se desidentifica una imagen de DICOM que contiene el texto quemadoJohn Doe, el recurso de procedencia contendráquoteconfigurado comoJohn Doe,infoTypeestablecido enPERSON_NAMEy un valor deconfidenceentre 0 y 1.Los metadatos de desidentificación de DICOM solo se generan si se llama al método
dicomStores.deidentifyconImageConfig.textRedactionModeestablecido enREDACT_SENSITIVE_TEXToREDACT_SENSITIVE_TEXT_CLEAN_DESCRIPTORS. Si configurasREDACT_ALL_TEXT, el método genera texto desidentificado como una sola cadena en el campoextracted-text. La cadena no contiene segmentación. Los tokens se separan por espacios.
Metadatos de operación de desidentificación en un recurso de procedencia
En la siguiente tabla, se muestra una descripción de los metadatos de la operación de desidentificación y el campo correspondiente de los metadatos en los que se puede encontrar en el recurso de procedencia. Las celdas del “campo de recurso de procedencia” contienen valores de muestra que se usan a modo de demostración.
| Descripción de metadatos | Campo de recurso de procedencia |
|---|---|
| ID del recurso de procedencia | Provenance.id |
| Cuando comenzó la operación de desidentificación | Provenance.occurredDateTime |
| Marca de tiempo de creación de recurso de procedencia | Provenance.recorded |
| Nombre de la operación de larga duración de desidentificación |
Provenance.agent.who: {
"identifier": {
"system": "https://g.co/healthcare/operation"
"value": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"
}
}
|
| Almacén de DICOM de origen |
Provenance.entity.role: "SOURCE"
Provenance.entity.what.identifier.value: "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/SOURCE_DICOM_STORE_ID"
|
| Almacén de DICOM de destino | Provenance.target.type.value |
Valor DeidentifyConfig usado |
Provenance.entity.extension: [{
url: 'https://g.co/deidentify-config',
valueString: 'DEIDENTIFY_CONFIG' // Can be either a JSON configuration or a path to a Cloud Storage URI and timestamp if the configuration was provided using Cloud Storage
}]
|
Metadatos de desidentificación de DICOM en un recurso de procedencia
En la siguiente tabla, se muestra una descripción de los metadatos en la instancia de DICOM que se desidentificó y el campo correspondiente de los metadatos en un recurso de procedencia. Las celdas del “campo de recurso de procedencia” contienen valores de muestra que se usan a modo de demostración.
| Descripción de metadatos | Campo de recurso de procedencia |
|---|---|
| Vínculo al recurso de operación de desidentificación | Provenance.agent.who: {reference: "Provenance/PROVENANCE_RESOURCE_ID"} |
| Marca de tiempo de creación de recurso de procedencia | Provenance.recorded |
| Ruta de REST de la instancia de DICOM de origen |
Provenance.entity.role: SOURCE
Provenance.entity.what.identifier.value
|
| Ruta de REST de la instancia de DICOM de destino | Provenance.target.type.value |
| Tamaño de la imagen de DICOM |
Provenance.entity.extension: [
{
url: 'https://g.co/WIDTH',
valueDecimal: WIDTH
},
url: 'https://g.co/HEIGHT',
valueDecimal: HEIGHT
}
]
|
| Tamaño estructurado |
Provenance.entity.extension: [{
url: 'https://g.co/DICOM_STRUCTURED_SIZE',
valueDecimal: VALUE,
}]
|
| Anotación de imagen de DICOM |
Provenance.entity.extension: [{
url: 'https://g.co/DICOM_IMAGES',
extension: [
{ FRAME_0
},
{ FRAME_1
},
...
]
}]
|
| Anotación de marco de DICOM |
Provenance.entity.extension['https://g.co/dicom-images'].extension: [
{
url: 'frame-index',
valueDecimal: 0,
extension: [
{
url: 'left',
valueDecimal: LEFT_VALUE
},
{
url: 'right',
valueDecimal: RIGHT_VALUE
},
{
url: 'top',
valueDecimal: TOP_VALUE
},
{
url: 'bottom',
valueDecimal: BOTTOM_VALUE
},
{
url: 'relative-left',
valueDecimal: RELATIVE_LEFT_VALUE / WIDTH
},
{
url: 'relative-right',
valueDecimal: RELATIVE_RIGHT_VALUE / HEIGHT
},
{
url: 'relative-top',
valueDecimal: RELATIVE_TOP_VALUE / WIDTH
},
{
url: 'relative-bottom',
valueDecimal: RELATIVE_BOTTOM / HEIGHT
}
]
}
]
|
| Anotación de marco de DICOM |
// Only available if the text redaction mode is REDACT_SENSITIVE_TEXT or
// REDACT_SENSITIVE_TEXT_CLEAN_DESCRIPTORS
Provenance.entity.extension: [
{
"url": "quote", // The PHI text de-identified
"valueString": "John Doe"
},
{
"url": "infoType", // The type of the de-identified text
"valueString": "PERSON_NAME"
},
{
"url": "confidence", // The likelihood of finding this quote and its infoType
"valueDecimal": 0.7
}
]
|
| Anotación de marco de DICOM |
// Only available if the text redaction mode is REDACT_ALL_TEXT
Provenance.entity.extension: [
{
"url": "extracted-text", // The entire PHI text de-identified
"valueString": "John Doe 27-Jan-1999 Sex:M"
}
]
|
| Todas las anotaciones de etiquetas de DICOM |
Provenance.entity.extension: [{
url: 'https://g.co/dicom-tags',
extension: [
{ // tag (0002,0000)
},
{ // tag (0002,0001)
},
...
]
}]
|
| Notación de etiquetas individuales de DICOM |
Provenance.entity.extension['https://g.co/dicom-tags'].extension: [
{
url: 'tag-id',
valueString: '00080012',
extension: [
{
url: 'byte-start',
valueDecimal: 10
},
{
url: 'byte-end',
valueDecimal: 18
},
{
url: 'finding-infotype',
valueString: 'PERSON_NAME'
},
{
url: 'text-original',
valueString: 'John Doe'
},
{
url: 'text-replaced',
valueString: 'PERSON_NAME'
},
{
url: 'deidentify-action',
valueString: 'REMOVED'
// Possible values are "REMOVED", "DELETED", "REGENERATED UID",
// "RESET", "CLEANED", and "RECURSED"
},
{
url: 'deidentify-reason',
valueString: 'Matched VALUE'
// Possible values include "ID", "VR", or "Expression",
// for example "Matched ID: DICOM_TAG_ID"
}
]
}
]
|
Ejemplos
Antes de comenzar
Asegúrate de tener el rol roles/healthcare.fhirResourceEditor en el almacén de FHIR de metadatos de operación antes de ejecutar cualquiera de los siguientes ejemplos. Necesitas este rol para escribir en el almacén de FHIR de metadatos de operación.
Desidentifica datos de DICOM, escribe en un almacén de FHIR y busca recursos de procedencia
Antes de ejecutar este ejemplo, completa los siguientes pasos:
- Crea un conjunto de datos de origen que contenga un almacén de DICOM con, al menos, una instancia de DICOM que se debe desidentificar.
- Crea un conjunto de datos de destino que contenga un almacén de DICOM vacío y un almacén de FHIR vacío. El almacén de FHIR debe cumplir con los requisitos.
En este ejemplo, se amplía el artículo Combina desidentificación de etiquetas y ocultamiento de texto quemado. En este ejemplo, la desidentificación ocurre en un solo almacén de DICOM, y los datos desidentificados se escriben en un almacén de DICOM nuevo. El almacén de FHIR de metadatos de operación se encuentra en el mismo conjunto de datos que el almacén de DICOM nuevo.
En este ejemplo, se usan dos instancias de DICOM. Tú no proporcionas las instancias, por lo que las respuestas de muestra no se alinearán de forma exacta con tus datos desidentificados.
Desidentifica los datos de DICOM.
Antes de usar cualquiera de los datos de solicitud a continuación, realiza los siguientes reemplazos:
- PROJECT_ID: El ID del proyecto de Google Cloud
- LOCATION: Es la ubicación del conjunto de datos que contiene el almacén de DICOM de origen
- SOURCE_DATASET_ID: El conjunto de datos superior del almacén de DICOM de origen
- SOURCE_DICOM_STORE_ID: El ID del almacén de DICOM que contiene los datos que desidentificarás
- DESTINATION_DATASET_ID: Un conjunto de datos existente que contiene el almacén de FHIR de operación de metadatos y en el que se creará el almacén de DICOM desidentificado
- DESTINATION_DICOM_STORE_ID: El almacén de DICOM en el que se escribirán los datos desidentificados del almacén de DICOM de origen
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: El almacén de FHIR en el que se escribirán los metadatos de operación de desidentificación
Cuerpo JSON de la solicitud:
{ "destinationStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/dicomStores/DESTINATION_DICOM_STORE_ID", "config": { "dicom": { "filterProfile": "DEIDENTIFY_TAG_CONTENTS" }, "image": { "textRedactionMode": "REDACT_ALL_TEXT" }, "operationMetadata": { "fhirOutput": { "fhirStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE" } } } }Para enviar tu solicitud, elige una de estas opciones:
La respuesta es la siguiente. La respuesta contiene un identificador para una operación de larga duración. Las operaciones de larga duración se muestran cuando las llamadas de métodos pueden tardar una cantidad considerable de tiempo en completarse. Toma nota del valor de OPERATION_ID. Necesitarás este valor en el siguiente paso.curl
Guarda el cuerpo de la solicitud en un archivo llamado
request.json. Ejecuta el comando siguiente en la terminal para crear o reemplazar este archivo en el directorio actual:cat > request.json << 'EOF' { "destinationStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/dicomStores/DESTINATION_DICOM_STORE_ID", "config": { "dicom": { "filterProfile": "DEIDENTIFY_TAG_CONTENTS" }, "image": { "textRedactionMode": "REDACT_ALL_TEXT" }, "operationMetadata": { "fhirOutput": { "fhirStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE" } } } } EOFLuego, ejecuta el siguiente comando para enviar tu solicitud de REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/SOURCE_DATASET_ID/dicomStores/SOURCE_DICOM_STORE_ID:deidentify"PowerShell
Guarda el cuerpo de la solicitud en un archivo llamado
request.json. Ejecuta el comando siguiente en la terminal para crear o reemplazar este archivo en el directorio actual:@' { "destinationStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/dicomStores/DESTINATION_DICOM_STORE_ID", "config": { "dicom": { "filterProfile": "DEIDENTIFY_TAG_CONTENTS" }, "image": { "textRedactionMode": "REDACT_ALL_TEXT" }, "operationMetadata": { "fhirOutput": { "fhirStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE" } } } } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Luego, ejecuta el siguiente comando para enviar tu solicitud de REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json; charset=utf-8" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/SOURCE_DATASET_ID/dicomStores/SOURCE_DICOM_STORE_ID:deidentify" | Select-Object -Expand ContentObtén el estado de la operación.
Antes de usar cualquiera de los datos de solicitud a continuación, realiza los siguientes reemplazos:
- PROJECT_ID: El ID del proyecto de Google Cloud
- LOCATION: La ubicación del conjunto de datos
- SOURCE_DATASET_ID: El conjunto de datos en el que se ejecuta la operación de desidentificación
- OPERATION_ID: El ID de la operación de desidentificación
Para enviar tu solicitud, elige una de estas opciones:
curl
Ejecuta el siguiente comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
Ejecuta el siguiente comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand ContentExplorador de API
Abre la página de referencia del método. El panel del Explorador de API se abre en la parte derecha de la página. Puedes interactuar con esta herramienta para enviar solicitudes. Completa los campos obligatorios y haz clic en Ejecutar.
Deberías recibir una respuesta JSON similar a la que se muestra a continuación:
Después de desidentificar los datos de DICOM de forma correcta y escribir los metadatos de la operación en un almacén de FHIR, puedes ver los recursos de procedencia en el almacén de FHIR.
Para ver los recursos de procedencia, usa el método
fhir.search.Antes de usar cualquiera de los datos de solicitud a continuación, realiza los siguientes reemplazos:
- PROJECT_ID: El ID del proyecto de Google Cloud.
- LOCATION: Es la ubicación del conjunto de datos superior.
- DATASET_ID: El conjunto de datos superior del almacén de FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: El ID del almacén de FHIR que contiene los metadatos
Para enviar tu solicitud, elige una de estas opciones:
La siguiente respuesta fue el resultado de la desidentificación de dos instancias de DICOM. La operación de desidentificación generó la creación de los siguientes tres recursos de procedencia:curl
Ejecuta el siguiente comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance"PowerShell
Ejecuta el siguiente comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance" | Select-Object -Expand Content- Un recurso de procedencia para cada una de las dos instancias de DICOM
- Un recurso de procedencia para la operación de desidentificación
Almacena datos de muestra, crea una búsqueda de FHIR personalizada de coordenada x relativa y realiza una consulta
Antes de ejecutar este ejemplo, crea un conjunto de datos de destino que contenga un almacén de DICOM vacío y un almacén de FHIR vacío. El almacén de FHIR debe cumplir con los requisitos.
En el siguiente ejemplo, se muestra cómo puedes almacenar los tres recursos de procedencia creados en Desidentifica datos de DICOM, escribe en un almacén de FHIR y busca recursos de procedencia y, luego, crear una búsqueda personalizada. La búsqueda personalizada consulta relative-x-coordinate-bottom-left en una de las instancias de DICOM desidentificadas.
Almacena los recursos de procedencia.
Antes de usar cualquiera de los datos de solicitud a continuación, realiza los siguientes reemplazos:
- PROJECT_ID: El ID del proyecto de Google Cloud.
- LOCATION: Es la ubicación del conjunto de datos superior.
- DATASET_ID: El conjunto de datos superior del almacén de FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: El ID del almacén de FHIR que contiene los metadatos
Cuerpo JSON de la solicitud:
{ "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] }Para enviar tu solicitud, elige una de estas opciones:
curl
Guarda el cuerpo de la solicitud en un archivo llamado
request.json. Ejecuta el comando siguiente en la terminal para crear o reemplazar este archivo en el directorio actual:cat > request.json << 'EOF' { "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] } EOFLuego, ejecuta el siguiente comando para enviar tu solicitud de REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir"PowerShell
Guarda el cuerpo de la solicitud en un archivo llamado
request.json. Ejecuta el comando siguiente en la terminal para crear o reemplazar este archivo en el directorio actual:@' { "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Luego, ejecuta el siguiente comando para enviar tu solicitud de REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir" | Select-Object -Expand ContentDeberías recibir una respuesta JSON similar a la que se muestra a continuación:
Crea un recurso SearchParameter en la coordenada x relativa de la imagen de DICOM.
Antes de usar cualquiera de los datos de solicitud a continuación, realiza los siguientes reemplazos:
- PROJECT_ID: El ID del proyecto de Google Cloud.
- LOCATION: Es la ubicación del conjunto de datos superior.
- DATASET_ID: El conjunto de datos superior del almacén de FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: El ID del almacén de FHIR que contiene los metadatos
Cuerpo JSON de la solicitud:
{ "resourceType": "SearchParameter", "url": "relative-x-coordinate-bottom-left", "base": ["Provenance"], "code": "relative-x-coordinate-bottom-left", "name": "relative x-coordinate of the bottom left corner of the bounding box", "type": "number", "expression": "Provenance.entity.extension('https://g.co/dicom-images').extension('frame-index').extension('relative-bottom').value.as(Decimal)", "status": "active", "description": "A search on bottom left relative x-coordinate of annotations generated from de-identification of a DICOM file" }Para enviar tu solicitud, elige una de estas opciones:
curl
Guarda el cuerpo de la solicitud en un archivo llamado
request.json. Ejecuta el comando siguiente en la terminal para crear o reemplazar este archivo en el directorio actual:cat > request.json << 'EOF' { "resourceType": "SearchParameter", "url": "relative-x-coordinate-bottom-left", "base": ["Provenance"], "code": "relative-x-coordinate-bottom-left", "name": "relative x-coordinate of the bottom left corner of the bounding box", "type": "number", "expression": "Provenance.entity.extension('https://g.co/dicom-images').extension('frame-index').extension('relative-bottom').value.as(Decimal)", "status": "active", "description": "A search on bottom left relative x-coordinate of annotations generated from de-identification of a DICOM file" } EOFLuego, ejecuta el siguiente comando para enviar tu solicitud de REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter"PowerShell
Guarda el cuerpo de la solicitud en un archivo llamado
request.json. Ejecuta el comando siguiente en la terminal para crear o reemplazar este archivo en el directorio actual:@' { "resourceType": "SearchParameter", "url": "relative-x-coordinate-bottom-left", "base": ["Provenance"], "code": "relative-x-coordinate-bottom-left", "name": "relative x-coordinate of the bottom left corner of the bounding box", "type": "number", "expression": "Provenance.entity.extension('https://g.co/dicom-images').extension('frame-index').extension('relative-bottom').value.as(Decimal)", "status": "active", "description": "A search on bottom left relative x-coordinate of annotations generated from de-identification of a DICOM file" } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Luego, ejecuta el siguiente comando para enviar tu solicitud de REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter" | Select-Object -Expand ContentDeberías recibir una respuesta JSON similar a la que se muestra a continuación:
Habilita el recurso personalizado SearchParameter en el almacén de FHIR.
Antes de usar cualquiera de los datos de solicitud a continuación, realiza los siguientes reemplazos:
- PROJECT_ID: El ID del proyecto de Google Cloud.
- LOCATION: Es la ubicación del conjunto de datos superior.
- DATASET_ID: El conjunto de datos superior del almacén de FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: El ID del almacén de FHIR que contiene los metadatos
Cuerpo JSON de la solicitud:
{ "canonicalUrls": [ "relative-x-coordinate-bottom-left" ] }Para enviar tu solicitud, elige una de estas opciones:
La respuesta es la siguiente. La respuesta contiene un identificador para una operación de larga duración. Las operaciones de larga duración se muestran cuando las llamadas de métodos pueden tardar una cantidad considerable de tiempo en completarse. Toma nota del valor de OPERATION_ID. Necesitarás este valor en el siguiente paso.curl
Guarda el cuerpo de la solicitud en un archivo llamado
request.json. Ejecuta el comando siguiente en la terminal para crear o reemplazar este archivo en el directorio actual:cat > request.json << 'EOF' { "canonicalUrls": [ "relative-x-coordinate-bottom-left" ] } EOFLuego, ejecuta el siguiente comando para enviar tu solicitud de REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch"PowerShell
Guarda el cuerpo de la solicitud en un archivo llamado
request.json. Ejecuta el comando siguiente en la terminal para crear o reemplazar este archivo en el directorio actual:@' { "canonicalUrls": [ "relative-x-coordinate-bottom-left" ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Luego, ejecuta el siguiente comando para enviar tu solicitud de REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch" | Select-Object -Expand ContentObtén el estado de la operación.
Antes de usar cualquiera de los datos de solicitud a continuación, realiza los siguientes reemplazos:
- PROJECT_ID: El ID del proyecto de Google Cloud
- LOCATION: La ubicación del conjunto de datos
- DATASET_ID: El conjunto de datos en el que se ejecuta la operación de búsqueda personalizada
- OPERATION_ID: El ID de la operación de búsqueda personalizada
Para enviar tu solicitud, elige una de estas opciones:
curl
Ejecuta el siguiente comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
Ejecuta el siguiente comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand ContentExplorador de API
Abre la página de referencia del método. El panel del Explorador de API se abre en la parte derecha de la página. Puedes interactuar con esta herramienta para enviar solicitudes. Completa los campos obligatorios y haz clic en Ejecutar.
Deberías recibir una respuesta JSON similar a la que se muestra a continuación:
Consulta el recurso de procedencia mediante el parámetro de búsqueda de coordenada x relativa:
Antes de usar cualquiera de los datos de solicitud a continuación, realiza los siguientes reemplazos:
- PROJECT_ID: El ID del proyecto de Google Cloud.
- LOCATION: Es la ubicación del conjunto de datos superior.
- DATASET_ID: El conjunto de datos superior del almacén de FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: El ID del almacén de FHIR que contiene los metadatos
Para enviar tu solicitud, elige una de estas opciones:
En la respuesta, se muestra una instancia de DICOM que cumple con la búsqueda:curl
En el siguiente ejemplo, se usa la consultarelative-x-coordinate-bottom-left=le0.05, que busca una coordenada X dentro del 5% del borde de la imagen.Ejecuta el siguiente comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05"PowerShell
En el siguiente ejemplo, se usa la consultarelative-x-coordinate-bottom-left=le0.05, que busca una coordenada X dentro del 5% del borde de la imagen.Ejecuta el siguiente comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05" | Select-Object -Expand Content{ "entry": [ { "fullUrl": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/90062087-8ac2-499c-b952-a04999578bd0", "resource": { "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "extension": [ { "extension": [ { "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ], "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 } ], "url": "https://g.co/dicom-images" }, { "extension": [ { "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ], "url": "tag-id", "valueString": "00100021" }, { "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ], "url": "tag-id", "valueString": "00102150" } ], "url": "https://g.co/dicom-tags" } ], "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } } ], "id": "90062087-8ac2-499c-b952-a04999578bd0", "meta": { "lastUpdated": "LAST_UPDATED", "versionId": "MTY0NjY4NDg4Nzk3MDM2MTAwMA" }, "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ] }, "search": { "mode": "match" } } ], "link": [ { "relation": "search", "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05" }, { "relation": "first", "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05" }, { "relation": "self", "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05" } ], "resourceType": "Bundle", "total": 1, "type": "searchset" }
Almacena datos de muestra, crea una búsqueda de FHIR personalizada de DICOM de origen y realiza una consulta
Antes de ejecutar este ejemplo, crea un conjunto de datos de destino que contenga un almacén de DICOM vacío y un almacén de FHIR vacío. El almacén de FHIR debe cumplir con los requisitos.
En el siguiente ejemplo, se muestra cómo puedes almacenar los tres recursos de procedencia creados en Desidentifica datos de DICOM, escribe en un almacén de FHIR y busca recursos de procedencia y, luego, crear una búsqueda personalizada. Las búsquedas personalizadas para obtener información sobre una de las dos imágenes de DICOM de origen.
Almacena los recursos de procedencia.
Antes de usar cualquiera de los datos de solicitud a continuación, realiza los siguientes reemplazos:
- PROJECT_ID: El ID del proyecto de Google Cloud.
- LOCATION: Es la ubicación del conjunto de datos superior.
- DATASET_ID: El conjunto de datos superior del almacén de FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: El ID del almacén de FHIR que contiene los metadatos
Cuerpo JSON de la solicitud:
{ "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] }Para enviar tu solicitud, elige una de estas opciones:
curl
Guarda el cuerpo de la solicitud en un archivo llamado
request.json. Ejecuta el comando siguiente en la terminal para crear o reemplazar este archivo en el directorio actual:cat > request.json << 'EOF' { "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] } EOFLuego, ejecuta el siguiente comando para enviar tu solicitud de REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir"PowerShell
Guarda el cuerpo de la solicitud en un archivo llamado
request.json. Ejecuta el comando siguiente en la terminal para crear o reemplazar este archivo en el directorio actual:@' { "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Luego, ejecuta el siguiente comando para enviar tu solicitud de REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir" | Select-Object -Expand ContentDeberías recibir una respuesta JSON similar a la que se muestra a continuación:
Crea un recurso SearchParameter en la imagen de DICOM de origen.
Antes de usar cualquiera de los datos de solicitud a continuación, realiza los siguientes reemplazos:
- PROJECT_ID: El ID del proyecto de Google Cloud.
- LOCATION: Es la ubicación del conjunto de datos superior.
- DATASET_ID: El conjunto de datos superior del almacén de FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: El ID del almacén de FHIR que contiene los metadatos
Cuerpo JSON de la solicitud:
{ "resourceType": "SearchParameter", "url": "lookup-source-instance", "base": ["Provenance"], "code": "lookup-source-instance", "name": "look up the source DICOM instance", "type": "string", "expression": "Provenance.entity.what.identifier.value", "status": "active", "description": "A search on the source DICOM instance" }Para enviar tu solicitud, elige una de estas opciones:
curl
Guarda el cuerpo de la solicitud en un archivo llamado
request.json. Ejecuta el comando siguiente en la terminal para crear o reemplazar este archivo en el directorio actual:cat > request.json << 'EOF' { "resourceType": "SearchParameter", "url": "lookup-source-instance", "base": ["Provenance"], "code": "lookup-source-instance", "name": "look up the source DICOM instance", "type": "string", "expression": "Provenance.entity.what.identifier.value", "status": "active", "description": "A search on the source DICOM instance" } EOFLuego, ejecuta el siguiente comando para enviar tu solicitud de REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter"PowerShell
Guarda el cuerpo de la solicitud en un archivo llamado
request.json. Ejecuta el comando siguiente en la terminal para crear o reemplazar este archivo en el directorio actual:@' { "resourceType": "SearchParameter", "url": "lookup-source-instance", "base": ["Provenance"], "code": "lookup-source-instance", "name": "look up the source DICOM instance", "type": "string", "expression": "Provenance.entity.what.identifier.value", "status": "active", "description": "A search on the source DICOM instance" } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Luego, ejecuta el siguiente comando para enviar tu solicitud de REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter" | Select-Object -Expand ContentDeberías recibir una respuesta JSON similar a la que se muestra a continuación:
Habilita el recurso personalizado SearchParameter en el almacén de FHIR.
Antes de usar cualquiera de los datos de solicitud a continuación, realiza los siguientes reemplazos:
- PROJECT_ID: El ID del proyecto de Google Cloud.
- LOCATION: Es la ubicación del conjunto de datos superior.
- DATASET_ID: El conjunto de datos superior del almacén de FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: El ID del almacén de FHIR que contiene los metadatos
Cuerpo JSON de la solicitud:
{ "canonicalUrls": [ "lookup-source-instance" ] }Para enviar tu solicitud, elige una de estas opciones:
La respuesta es la siguiente. La respuesta contiene un identificador para una operación de larga duración. Las operaciones de larga duración se muestran cuando las llamadas de métodos pueden tardar una cantidad considerable de tiempo en completarse. Toma nota del valor de OPERATION_ID. Necesitarás este valor en el siguiente paso.curl
Guarda el cuerpo de la solicitud en un archivo llamado
request.json. Ejecuta el comando siguiente en la terminal para crear o reemplazar este archivo en el directorio actual:cat > request.json << 'EOF' { "canonicalUrls": [ "lookup-source-instance" ] } EOFLuego, ejecuta el siguiente comando para enviar tu solicitud de REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch"PowerShell
Guarda el cuerpo de la solicitud en un archivo llamado
request.json. Ejecuta el comando siguiente en la terminal para crear o reemplazar este archivo en el directorio actual:@' { "canonicalUrls": [ "lookup-source-instance" ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Luego, ejecuta el siguiente comando para enviar tu solicitud de REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch" | Select-Object -Expand ContentObtén el estado de la operación.
Antes de usar cualquiera de los datos de solicitud a continuación, realiza los siguientes reemplazos:
- PROJECT_ID: El ID del proyecto de Google Cloud
- LOCATION: La ubicación del conjunto de datos
- DATASET_ID: El conjunto de datos en el que se ejecuta la operación de búsqueda personalizada
- OPERATION_ID: El ID de la operación de búsqueda personalizada
Para enviar tu solicitud, elige una de estas opciones:
curl
Ejecuta el siguiente comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
Ejecuta el siguiente comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand ContentExplorador de API
Abre la página de referencia del método. El panel del Explorador de API se abre en la parte derecha de la página. Puedes interactuar con esta herramienta para enviar solicitudes. Completa los campos obligatorios y haz clic en Ejecutar.
Deberías recibir una respuesta JSON similar a la que se muestra a continuación:
Consulta el recurso de procedencia mediante el parámetro de búsqueda de imagen de origen de DICOM.
Antes de usar cualquiera de los datos de solicitud a continuación, realiza los siguientes reemplazos:
- PROJECT_ID: El ID del proyecto de Google Cloud.
- LOCATION: Es la ubicación del conjunto de datos superior.
- DATASET_ID: El conjunto de datos superior del almacén de FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: El ID del almacén de FHIR que contiene los metadatos
Para enviar tu solicitud, elige una de estas opciones:
En la respuesta, se muestra una instancia de DICOM que cumple con la búsqueda:curl
En el siguiente ejemplo, se usa la consultalookup-source-instance:contains=studies/1/series/2/instances/4, que muestra información sobre la instancia que contienestudies/1/series/2/instances/4en su identificador.Ejecuta el siguiente comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance?lookup-source-instance:contains=studies/1/series/2/instances/4"PowerShell
En el siguiente ejemplo, se usa la consultalookup-source-instance:contains=studies/1/series/2/instances/4, que muestra información sobre la instancia que contienestudies/1/series/2/instances/4en su identificador.Ejecuta el siguiente comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
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Exporta y consulta el almacén de FHIR de metadatos de operación
En el siguiente ejemplo, se muestra cómo puedes exportar los metadatos de operación de desidentificación del almacén de FHIR a BigQuery y consultar los datos exportados en busca de los datos de PHI que procesa el OCR. Los datos generados solo son compatibles con el SchemaType LOSSLESS o ANALYTICS_V2.
Exporta los metadatos en el almacén de FHIR a un conjunto de datos de BigQuery.
Los metadatos se exportan a una tabla llamada
Provenanceen el conjunto de datos de BigQuery seleccionado.Ve a la página de BigQuery.
En el panel Explorador, completa estos pasos:
- Selecciona tu proyecto de Google Cloud.
- Selecciona el conjunto de datos de BigQuery en el que exportaste los metadatos de DICOM.
- Selecciona la tabla de procedencia.
Haz clic en Redactar consulta nueva.
Ejecute la siguiente consulta:
SELECT what.identifier.value AS Source, target[OFFSET(0)].identifier.value AS Destination, `left` AS `Left`, `right` AS `Right`, top AS Top, bottom AS Bottom, quote AS Quote, infoType AS InfoType, confidence AS Confidence FROM `PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET.Provenance`, UNNEST(entity), UNNEST(dicom_images), UNNEST(frame_index) LIMIT 10Reemplaza lo siguiente:
- PROJECT_IDEl ID de tu proyecto de Google Cloud.
- BIGQUERY_DATASET: El conjunto de datos de BigQuery en el que exportaste los metadatos del almacén de FHIR.
Haz clic en Ejecutar.
En los resultados de la consulta, se muestran los metadatos de los datos de PHI desidentificados en un formato tabular. Si no especificas una tabla de destino, el trabajo de consulta escribe el resultado en una tabla temporal (en caché).
Cuota
La escritura de metadatos de operación de desidentificación en un almacén de FHIR consume cuotas de fhir_write_ops en el proyecto en el que se escriben los metadatos de operación.
Se crea un recurso de FHIR para cada instancia de DICOM, por lo que la capacidad de procesamiento de la operación de desidentificación no puede ser mayor que la que permite tu cuota de FHIR.
Facturación
Cada recurso de procedencia creado en el almacén de FHIR de metadatos de operación genera un cargo por llamar a fhir.update.
La cantidad de llamadas de la API a fhir.update se puede calcular de esta forma: Total number of DICOM instances de-identified + 1.
¿Qué sigue?
- Aprende a exportar los recursos de FHIR a BigQuery para su exploración y análisis.
- Aprende a transmitir los cambios en recursos de FHIR a BigQuery para sincronizar los datos en un almacén de FHIR con un conjunto de datos de BigQuery casi en tiempo real.