本頁面由 Cloud Translation API 翻譯而成。

使用 Cloud Life Sciences 處理基因體資料

本頁面說明如何執行基因體管道，使用 Cloud Life Sciences API 從包含 DNA 序列的二進位檔案 (BAM 檔案) 建立索引檔案 (BAI 檔案)。

BAM 檔案通常很大，使用基因體檢視器讀取可能需要很長時間。您可以使用 BAI 檔案，找出 BAM 檔案中包含您感興趣基因體位置的部分。

事前準備

In the Google Cloud console, on the project selector page, select or create a Google Cloud project.

Note: If you don't plan to keep the resources that you create in this procedure, create a project instead of selecting an existing project. After you finish these steps, you can delete the project, removing all resources associated with the project.

Go to project selector
Make sure that billing is enabled for your Google Cloud project.
Enable the Cloud Life Sciences, Compute Engine, and Cloud Storage JSON APIs.
Enable the APIs

Install the Google Cloud CLI.
設定 gcloud CLI 以使用您的聯合身分。

詳情請參閱「使用聯合身分登入 gcloud CLI」。
如要初始化 gcloud CLI，請執行下列指令：
```
gcloud init
```
或者，您可以使用已預先安裝 gcloud CLI 的 Cloud Shell。
安裝 Python 3.8。
如果您使用 Windows，且在安裝 Google Cloud CLI 時將相關的核取方塊保留勾選，系統就會自動完成這項作業。

執行管道

如要執行管道，請完成下列步驟：

建立 bucket，用來儲存 BAI 檔案。「值區」是在 Cloud Storage 中保存資料的基本容器。如要建立名為 PROJECT_ID-life-sciences 的 bucket，請執行 gcloud storage buckets create 指令：
```
gcloud storage buckets create gs://PROJECT_ID-life-sciences
```
將 PROJECT_ID 替換為專案 ID。 Google Cloud 您必須使用全域不重複的值區名稱。
請參閱值區命名需求。
- Bucket 名稱只能包含小寫字母、數字字元、破折號 (-) 和底線 (_)，不得包含空格。
- bucket 名稱的開頭與結尾必須是數字或英文字母。
- bucket 名稱必須包含 3 至 63 個字元。如果名稱中包含點，則其長度上限為 222 個字元，但每個以點分隔的字串組合不得超過 63 個字元。
- 值區名稱不得為採用小數點十進位表示法 (例如 192.168.5.4) 的 IP 位址。
- 值區名稱不得使用「goog」前置字串做為開頭。
- 值區名稱不得包含「google」或類似錯別字，例如「g00gle」。
注意： 請勿在值區名稱中加入任何機密資訊，因為值區命名空間屬於全域性質，並且會公開顯示。

如果成功，指令會傳回下列內容：
```
Creating gs://PROJECT_ID-life-sciences
```

如要啟動管道，請執行 gcloud beta lifesciences pipelines run 指令：

gcloud beta lifesciences pipelines run \
    --regions us-east1 \
    --command-line 'samtools index ${BAM} ${BAI}' \
    --docker-image "gcr.io/cloud-lifesciences/samtools" \
    --inputs BAM=gs://genomics-public-data/NA12878.chr20.sample.bam \
    --outputs BAI=gs://PROJECT_ID-life-sciences/NA12878.chr20.sample.bam.bai

如果成功，指令會傳回下列內容：

Running [projects/PROJECT_ID/operations/OPERATION_ID]

請記下 OPERATION_ID，下一個步驟會用到。

如要追蹤管道的狀態，請執行 gcloud beta lifesciences operations wait 指令。將 OPERATION_ID 換成上一步輸出的值。管道需要幾分鐘才會完成。
```
gcloud beta lifesciences operations wait OPERATION_ID
```
作業完成後，會傳回以下訊息：
```
Waiting for [projects/PROJECT_ID/operations/OPERATION_ID]...done.
```
如要確認是否已產生 BAI 檔案，請執行 gcloud storage ls 指令：
```
gcloud storage ls gs://PROJECT_ID-life-sciences
```
如果成功，指令會傳回下列內容：
```
gs://PROJECT_ID-life-sciences/NA12878.chr20.sample.bam.bai
```

您已使用 Cloud Life Sciences API 執行管道，從 BAM 檔案建立 BAI 檔案。使用基因體檢視器，透過 NA12878.chr20.sample.bam.bai 索引檔案檢查 NA12878.chr20.sample.bam BAM 檔案。

清除所用資源

如要避免系統向您的 Google Cloud 帳戶收取本頁所用資源的費用，請按照下列步驟操作。

刪除 BAI 檔案

如要刪除所產生的 BAI 檔案，但保留您建立的專案和值區，請執行 gcloud storage rm 指令：

gcloud storage rm PROJECT_ID-life-sciences/NA12878.chr20.sample.bam.bai

刪除值區

如果您已建立本快速入門導覽課程專用的值區，且不再需要該值區，但想保留專案，那麼請使用 gcloud storage rm 指令刪除值區。刪除值區也會一併刪除產生的 BAI 檔案。

gcloud storage rm gs://PROJECT_ID-life-sciences --recursive

刪除專案

如果您已建立本快速入門導覽課程專用的專案，且不再需要該專案，那麼可刪除該專案。刪除專案時也會一併刪除 BAI 檔案和 Cloud Storage 值區。

In the Google Cloud console, go to the Manage resources page.
Go to Manage resources
In the project list, select the project that you want to delete, and then click Delete.
In the dialog, type the project ID, and then click Shut down to delete the project.

還順利嗎？

後續步驟

進一步瞭解 Cloud Life Sciences API 公開資料集。
瞭解如何將變體資料載入到 Cloud Storage 或 BigQuery 中。
瞭解如何使用 BigQuery 分析變異基因段。