執行 Nextflow

控制台

1. 前往 Google Cloud 控制台的 Cloud Storage「Browser」(瀏覽器) 頁面：

   前往瀏覽器

2. 點選「建立值區」。

3. 在「建立 bucket」頁面中，輸入 bucket 資訊。

4. 點選「建立」。

gcloud

1. 開啟 Cloud Shell：

   前往 Cloud Shell

2. 使用 gcloud storage buckets create 指令：

   gcloud storage buckets create gs://BUCKET_NAME
   

   請將 BUCKET_NAME 替換為您要授予值區的名稱，必須遵守命名要求。例如：my-bucket。

   如果要求成功，指令會傳回下列訊息：

   Creating gs://BUCKET_NAME/...
   

控制台

使用 Google Cloud 控制台建立服務帳戶：

1. 前往 Google Cloud 控制台的「Service Accounts」(服務帳戶) 頁面。

   前往「Service Accounts」(服務帳戶) 頁面

2. 按一下「建立服務帳戶」。

3. 在「Service account name」(服務帳戶名稱) 欄位中輸入 nextflow-service-account，然後按一下「Create」(建立)。

4. 在「將專案存取權授予這個服務帳戶」部分，從「選取角色」下拉式清單新增下列角色：

   • Cloud Life Sciences 工作流程執行器
   • 服務帳戶使用者
   • 服務使用情形用戶
   • Storage 物件管理員

5. 依序點選「繼續」和「完成」。

6. 在「Service Accounts」(服務帳戶) 頁面中，找出您建立的服務帳戶。 在服務帳戶的列中，按一下「更多」按鈕 more_vert，然後點選「管理金鑰」。

7. 在「金鑰」頁面中，依序點選「新增金鑰」和「建立新的金鑰」。

8. 在「Key type」(金鑰類型) 下選取「JSON」，然後按一下「Create」(建立)。

   系統就會將含有金鑰的 JSON 檔案下載至您的電腦。

gcloud

使用 Cloud Shell 完成下列步驟：

1. 開啟 Cloud Shell。

   前往 Cloud Shell

2. 設定用於建立服務帳戶的變數，並將 PROJECT_ID 替換為您的專案 ID。

   export PROJECT=PROJECT_ID
   export SERVICE_ACCOUNT_NAME=nextflow-service-account
   export SERVICE_ACCOUNT_ADDRESS=${SERVICE_ACCOUNT_NAME}@${PROJECT}.iam.gserviceaccount.com

3. 建立服務帳戶。

   gcloud iam service-accounts create ${SERVICE_ACCOUNT_NAME}

4. 服務帳戶必須具備下列 IAM 角色：

   • roles/lifesciences.workflowsRunner
   • roles/iam.serviceAccountUser
   • roles/serviceusage.serviceUsageConsumer
   • roles/storage.objectAdmin

   在 Cloud Shell 中執行下列指令，即可授予這些角色：

   gcloud projects add-iam-policy-binding ${PROJECT} \
       --member serviceAccount:${SERVICE_ACCOUNT_ADDRESS} \
       --role roles/lifesciences.workflowsRunner
   
   gcloud projects add-iam-policy-binding ${PROJECT} \
       --member serviceAccount:${SERVICE_ACCOUNT_ADDRESS} \
       --role roles/iam.serviceAccountUser
   
   gcloud projects add-iam-policy-binding ${PROJECT} \
       --member serviceAccount:${SERVICE_ACCOUNT_ADDRESS} \
       --role roles/serviceusage.serviceUsageConsumer
   
   gcloud projects add-iam-policy-binding ${PROJECT} \
       --member serviceAccount:${SERVICE_ACCOUNT_ADDRESS} \
       --role roles/storage.objectAdmin

控制台

1. 開啟 Cloud Shell。

   前往 Cloud Shell

2. 在 Cloud Shell 的「More」(更多)more_vert 選單中，選取「Upload file」(上傳檔案)，然後選取您建立的 JSON 金鑰檔案。檔案會上傳至 Cloud Shell 執行個體的主目錄。

3. 執行下列指令，確認上傳的檔案位於目前目錄中，並確認檔案名稱：

   ls

4. 設定憑證，將 KEY_FILENAME.json 替換為金鑰檔案的名稱。

   export GOOGLE_APPLICATION_CREDENTIALS=${PWD}/KEY_FILENAME.json

gcloud

使用 Cloud Shell 完成下列步驟：

1. 開啟 Cloud Shell。

   前往 Cloud Shell

2. 在 Cloud Shell 的「More」(更多)more_vert 選單中，選取「Upload file」(上傳檔案)，然後選取您建立的 JSON 金鑰檔案。檔案會上傳至 Cloud Shell 執行個體的主目錄。

3. 執行下列指令，確認上傳的檔案位於目前目錄中，並確認檔案名稱：

   ls

4. 將私密金鑰檔案設為 GOOGLE_APPLICATION_CREDENTIALS 環境變數：

   export SERVICE_ACCOUNT_KEY=${SERVICE_ACCOUNT_NAME}-private-key.json
   gcloud iam service-accounts keys create \
     --iam-account=${SERVICE_ACCOUNT_ADDRESS} \
     --key-file-type=json ${SERVICE_ACCOUNT_KEY}
   export SERVICE_ACCOUNT_KEY_FILE=${PWD}/${SERVICE_ACCOUNT_KEY}
   export GOOGLE_APPLICATION_CREDENTIALS=${PWD}/${SERVICE_ACCOUNT_KEY}

控制台

1. 在 Cloud Storage 主控台中，開啟 Storage「Browser」(瀏覽器) 頁面：

   前往 Cloud Storage 瀏覽器

2. 前往 BUCKET，然後瀏覽至 nextflow.config 檔案中指定的 WORK_DIR。

3. 管道中執行的每個個別工作都會有一個資料夾。

4. 資料夾會包含執行中的指令、輸出檔案，以及在工作流程中使用的暫存檔案。

gcloud

1. 要在 Cloud Shell 中查看輸出檔案，首先請開啟 Cloud Shell：

   前往 Cloud Shell

2. 執行下列指令，列出 Cloud Storage bucket 中的輸出內容。將 BUCKET 和 WORK_DIR 更新為 nextflow.config 檔案中指定的變數。

   gcloud storage ls gs://BUCKET/WORK_DIR

3. 輸出內容會顯示每個執行工作的資料夾。繼續列出後續子目錄的內容，以查看管道所建立的所有檔案。更新上一個指令列出的其中一個工作資料夾 TASK_FOLDER。

   gcloud storage ls gs://BUCKET/WORK_DIR/FOLDER/TASK_FOLDER