Il programma Therapeutically Applicable Research to Generate Effective Treatments (TARGET) applica un approccio genomico completo per determinare le alterazioni molecolari alla base dei tumori infantili.
L'Institute for Systems Biology Cancer Gateway to the Cloud (ISB-CGC) fornisce l'accesso ai dati e ai metadati TARGET nelle tabelle BigQuery per facilitare l'accesso e l'analisi. Queste tabelle raggruppano le informazioni sparse su decine di migliaia di dati TARGET XML e tabulari di accesso pubblico in un formato interrogabile in base al tipo di dati (ad esempio clinici, campioni biologici, espressione genica, mutazioni e così via) per facilitare l'accesso e l'analisi.
Analogamente, ISB-CGC ha creato tabelle BigQuery per altri programmi per il cancro. Consulta la documentazione dei programmi ISB-CGC per un elenco completo.
ISB-CGC fornisce anche esempi di notebook in R e Python che vanno dalla creazione e dall'analisi di query semplici a quelle complesse utilizzando le tabelle BigQuery di ISB-CGC:
Accesso a set di dati
Cartelle Cloud Storage
ISB-CGC memorizza i percorsi Cloud Storage per i dati TARGET ospitati da Genomic Data Commons dell'Istituto Nazionale dei Tumori nel set di dati BigQuery isb-cgc-bq.GDC_case_file_metadata. Consulta la documentazione di TARGET ISB-CGC per scoprire come accedere a queste posizioni dei file.
Set di dati di BigQuery
Puoi accedere ai seguenti set di dati TARGET in BigQuery per l'esplorazione e le query dei dati:
Per esplorare altri set di dati sul cancro di ISB-CGC, utilizza lo strumento di ricerca BigQuery di ISB-CGC. Puoi trovare questi dati nel progetto isb-cgc-bq in Google BigQuery. Per ulteriori informazioni su ISB-CGC e sui relativi dati, consulta la documentazione di ISB-CGC.
Informazioni sui dati
Utilizzo: questo set di dati è disponibile pubblicamente per chiunque lo utilizzi ai sensi dei termini forniti dall'origine del set di dati (https://cancergenome.nih.gov/) ed è fornito "COSÌ COM'È" senza alcuna garanzia, espressa o implicita, da parte di Google. Google esclude qualsiasi responsabilità per eventuali danni, diretti o indiretti, derivanti dall'uso del set di dati.